| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 1,279,469 | C→A | 7.7% | intergenic (‑274/‑65) | narX ← / → narK | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with NarL/nitrate/nitrite transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 1,279,469 | 0 | C | A | 7.7% | 500.9 / 13.0 | 154 | intergenic (‑274/‑65) | narX/narK | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with NarL/nitrate/nitrite transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (65/77); new base A (6/6); total (71/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
GTCACTGTACTCACTATGGGTAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGTTATCTTATCGTTTGATTTACATCAAATTGCCTTTAGCTACAGACACTAAGGTGGCAGACATCGAAACGAGTATCAGAGGTGTCTATGAGT > AP009048/1279401‑1279539 | gTCACTGTACTCACTATGGGTAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGTTATCTTATCGTTTGATTTACAt > 1:4983163/1‑71 (MQ=255) aCTGTACTCACTATGGGTAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGTTATCTTATCGTTTGATTTACATCaa < 1:1821126/71‑1 (MQ=255) aCTGTACTCACTATGGGTAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGTTATCTTATCGTTTGATTTACATCa < 1:6560453/70‑1 (MQ=255) aCTGTACTCACTATGGGTAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGTTATCTTATCGTTTGATTTACATCa > 1:1834611/1‑70 (MQ=255) aCTGTACTCACTATGGG‑AATGATAAATATCAATGATAGATAAAGTTATCTTATCGTTTGATTTACATCaaa < 1:1071537/71‑1 (MQ=255) gTACTCACTATGGGTAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGTTATCTTATCGTTTGATTTACATCAAAtt > 1:4387551/1‑71 (MQ=255) gTACTCACTATGGGTAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGTTATCTTATCGTTTGATTTACATCAAAtt > 1:5755945/1‑71 (MQ=255) tACTCACTATGGGTAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGTTATCTTATCGTTTGATTTACATCAAAtt < 1:2787110/70‑1 (MQ=255) 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< 1:4061049/63‑1 (MQ=255) tAAATATCAATGATAGATAAAGTTATCTTATCGTTTGATTTACAt > 1:6465088/1‑45 (MQ=255) tAAATATCAATGATAGATAAAGTTATCTTATCGTTTGATTTACATCAAATTGCCttt < 1:5746408/57‑1 (MQ=255) tAAATATCAATGATAGATAAAGTTATCTTATCGTTTGATTTACATCAAATTGCCTTTAGCTACAGACACTa < 1:2872055/71‑1 (MQ=255) aaaTATCAATGATAGATAAAGTTATCTTATCGTTTGATTTACATCAAATTGCCTTTAGCTACAGACACt > 1:6475655/1‑69 (MQ=255) aaaTATCAATGATAGATAAAGTTATCTTATCGTTTGATTTACATCAAATTGCCTTTAGCTACAGACACTa < 1:5632350/70‑1 (MQ=255) aaTATCAATGATAGATAAAGTTATCTTATCGTTTGATTTACATCAAATTGCCTTTAGCTACAGACACTAAg > 1:3508035/1‑71 (MQ=255) aaTATCAATGATAGATAAAGTTATCTTATCGTTTGATTTACATCAAATTGCCTTTAGCTACAGACACTAAg > 1:761979/1‑71 (MQ=255) atatCAATGATAGATAAAGTTATCTTATCGTTTGATTTACATCAAATTGCCTTTAGCTACAGACACt > 1:4398911/1‑67 (MQ=255) atatCAATGATAGATAAAGTTATCTTATCGTTTGATTTACATCAAATTGCCTTTAGCTACAGACACTAAgg > 1:6878939/1‑71 (MQ=255) atatCAATGATAGATAAAGTTATCTTATCGTTTGATTTACATCAAATTGCCTTTAGCTACAGACACTAAgg < 1:4018811/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |