| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 1,303,631 | C→T | 100% | Q246Y (CAG→TAT) | oppA → | oligopeptide transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 1,303,631 | 0 | C | T | 100.0% | 307.4 / NA | 102 | Q246Y (CAG→TAT) | oppA | oligopeptide transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (47/55); total (47/55) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
AAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAA > AP009048/1303567‑1303694 | aaaCGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTaa > 1:6195521/1‑71 (MQ=255) aacgaacgAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTaa > 1:1828394/1‑70 (MQ=255) aacgaacgAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTaa > 1:7874970/1‑70 (MQ=255) aacgaacgAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAAc > 1:1030551/1‑71 (MQ=255) acgaacgaATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAAcc > 1:3586643/1‑71 (MQ=255) gaacgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTa < 1:148340/71‑1 (MQ=255) acgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAtt < 1:1003866/71‑1 (MQ=255) cgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAttt > 1:874752/1‑71 (MQ=255) aaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGc > 1:6882252/1‑71 (MQ=255) cGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTa > 1:7746850/1‑71 (MQ=255) ttCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTa < 1:1931629/56‑1 (MQ=255) ttCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTa < 1:4328418/56‑1 (MQ=255) tGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTGTTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCtt > 1:7247196/1‑71 (MQ=255) tGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCt > 1:1533148/1‑70 (MQ=255) gAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCtt < 1:3490298/70‑1 (MQ=255) gAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCtt < 1:526696/70‑1 (MQ=255) gAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCtt < 1:7640471/70‑1 (MQ=255) gAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTc > 1:4941008/1‑71 (MQ=255) aaCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTc < 1:5499380/70‑1 (MQ=255) aaCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCt < 1:3583894/71‑1 (MQ=255) aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:5238199/71‑1 (MQ=255) aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:771089/71‑1 (MQ=255) cGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTa > 1:6584512/1‑61 (MQ=255) ggccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAtt < 1:3702337/57‑1 (MQ=255) gCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc > 1:61526/1‑55 (MQ=255) gCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc > 1:173976/1‑55 (MQ=255) gCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGtt < 1:6492319/71‑1 (MQ=255) gCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGtt < 1:5769593/71‑1 (MQ=255) cccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAtt < 1:4084973/58‑1 (MQ=255) cccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAtt < 1:1597132/58‑1 (MQ=255) cccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCtt < 1:2386806/62‑1 (MQ=255) cccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCtt < 1:4113429/62‑1 (MQ=255) ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAc > 1:2525858/1‑71 (MQ=255) ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAc > 1:5411760/1‑71 (MQ=255) aCCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:4796544/50‑1 (MQ=255) aCCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:2932503/50‑1 (MQ=255) aCCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:6822451/50‑1 (MQ=255) aCCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGa < 1:5128951/71‑1 (MQ=255) aCCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGa > 1:3288812/1‑71 (MQ=255) cTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCt > 1:1082757/1‑41 (MQ=38) cTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCt > 1:3776478/1‑41 (MQ=38) cTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCt > 1:4381486/1‑41 (MQ=38) cTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATg < 1:594982/71‑1 (MQ=255) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTa > 1:3873843/1‑48 (MQ=39) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTa > 1:6343223/1‑48 (MQ=39) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTa > 1:2375103/1‑48 (MQ=39) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:1203823/57‑1 (MQ=255) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:5474390/57‑1 (MQ=255) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:7874505/57‑1 (MQ=255) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:4114672/57‑1 (MQ=255) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:1774066/57‑1 (MQ=255) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa < 1:552383/58‑1 (MQ=255) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa < 1:3249279/58‑1 (MQ=255) cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTc > 1:3739427/1‑54 (MQ=255) cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTc > 1:3683007/1‑54 (MQ=255) cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTc > 1:225019/1‑70 (MQ=255) cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCa < 1:4761056/71‑1 (MQ=255) tGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa > 1:4504777/1‑57 (MQ=255) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAAcc > 1:7125889/1‑71 (MQ=255) cgcgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTAcc > 1:3845894/1‑71 (MQ=255) gcgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCg > 1:7609038/1‑71 (MQ=255) gcgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCg > 1:349233/1‑71 (MQ=255) cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAc < 1:2230290/52‑1 (MQ=255) cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAc < 1:5181184/52‑1 (MQ=255) cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAc < 1:1059628/52‑1 (MQ=255) cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAc < 1:6331531/52‑1 (MQ=255) cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAc < 1:5972263/52‑1 (MQ=255) cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCg > 1:818244/1‑70 (MQ=255) cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGt < 1:3461634/71‑1 (MQ=255) cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGt < 1:6153818/71‑1 (MQ=255) cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGt < 1:1695926/71‑1 (MQ=255) gAAAACCGTTGTTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTAcc > 1:7144315/1‑68 (MQ=255) gAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGt < 1:330742/48‑1 (MQ=39) gAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGt < 1:2072141/48‑1 (MQ=39) gAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGt < 1:6839086/48‑1 (MQ=39) gAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCg > 1:2818101/1‑69 (MQ=255) gAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGt < 1:7616828/70‑1 (MQ=255) gAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTCCCTATTGCTTCTGAAGt < 1:515108/48‑1 (MQ=38) gAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATATGCCTATTGCTTCTGAAGTTAca > 1:2034742/1‑51 (MQ=255) aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTa < 1:2803884/49‑1 (MQ=39) aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAg < 1:6272083/71‑1 (MQ=255) aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTa > 1:1263226/1‑48 (MQ=39) aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTa > 1:5120707/1‑48 (MQ=39) aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTa > 1:63058/1‑48 (MQ=39) aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTa > 1:3380928/1‑48 (MQ=39) aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTa > 1:4579021/1‑48 (MQ=39) aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAg < 1:1970888/70‑1 (MQ=255) aaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgtg > 1:5594691/1‑71 (MQ=255) aCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGAt > 1:536663/1‑51 (MQ=255) aCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgtg < 1:7159683/70‑1 (MQ=255) ttattaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTTGTGaa < 1:4764311/71‑1 (MQ=255) ttattaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGaa < 1:7357493/71‑1 (MQ=255) ttattaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGaa < 1:3080482/71‑1 (MQ=255) attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa > 1:3768531/1‑36 (MQ=37) attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa > 1:1909642/1‑36 (MQ=37) attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa < 1:2317717/35‑1 (MQ=37) attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGaaa < 1:941356/70‑1 (MQ=255) attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGaaa < 1:1738941/70‑1 (MQ=255) attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGaaa < 1:6606726/70‑1 (MQ=255) taACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACAGATGTCAACCGCTACCGTAg > 1:4613232/1‑60 (MQ=255) | AAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAA > AP009048/1303567‑1303694 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |