| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 1,599,977 | T→A | 7.9% | intergenic (‑177/+354) | ydeK ← / ← ydeV | predicted lipoprotein/predicted sugar kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 1,599,977 | 0 | T | A | 7.9% | 171.1 / 6.6 | 63 | intergenic (‑177/+354) | ydeK/ydeV | predicted lipoprotein/predicted sugar kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/26); new base A (2/3); total (34/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
GGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCTTAATAAGAAAACTGTTTCTTTCAATAGGAAA > AP009048/1599908‑1600045 | ggTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCtt < 1:669856/71‑1 (MQ=255)ggTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCtt < 1:777016/71‑1 (MQ=255) gTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCtta < 1:6842740/71‑1 (MQ=255) gTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCtta < 1:833675/71‑1 (MQ=255) tGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCttat > 1:6419809/1‑71 (MQ=255) gggAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCttatt > 1:7769089/1‑71 (MQ=255) aaGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCttatttta < 1:5874821/71‑1 (MQ=255) aGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCttattttat < 1:6978403/71‑1 (MQ=255) aGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCttattttat > 1:2436492/1‑71 (MQ=255) aGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCttattttat < 1:1224446/71‑1 (MQ=255) ggTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCttattttatt > 1:6953980/1‑71 (MQ=255) tgtCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCttattt < 1:6499114/65‑1 (MQ=255) gtCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATtttattta > 1:6155994/1‑70 (MQ=255) tCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCTAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCtt < 1:2529211/59‑1 (MQ=255) cAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCttatttt > 1:5619705/1‑63 (MQ=255) ggCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAAc > 1:3320993/1‑71 (MQ=255) aaTTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTAt > 1:6155427/1‑70 (MQ=255) aaTTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTAt > 1:1155045/1‑70 (MQ=255) aTTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTAt > 1:2421017/1‑69 (MQ=255) aTTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTAt > 1:5395027/1‑69 (MQ=255) tttGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCttatttta < 1:850199/52‑1 (MQ=255) tttGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACt < 1:1328994/66‑1 (MQ=255) ttGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATtttattta > 1:2960348/1‑55 (MQ=255) tGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTTAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATg > 1:5627578/1‑60 (MQ=255) tGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAAc > 1:2814919/1‑63 (MQ=255) gCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCATATTTAAATAAAat > 1:5736965/1‑56 (MQ=25) gCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCATATTTAAATAAAat > 1:802898/1‑56 (MQ=25) cTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTAt < 1:3861131/71‑1 (MQ=255) tGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGa < 1:995951/55‑1 (MQ=255) tGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACt < 1:5755281/58‑1 (MQ=255) gCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTAttgttg > 1:6356666/1‑71 (MQ=255) gCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTAttgttg > 1:5550194/1‑71 (MQ=255) tttCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCttatt < 1:2687019/38‑1 (MQ=255) tttCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCttatt < 1:788422/38‑1 (MQ=255) tCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCtt > 1:97703/1‑70 (MQ=255) tCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCtt > 1:2162202/1‑70 (MQ=255) tCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCATATTTaaataaaataag < 1:7108363/49‑3 (MQ=17) tCGAATTGATAGATTAAAAATTGCAAAGTTCATATTTaaataaaataag < 1:1989119/49‑3 (MQ=17) cGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTaa > 1:78294/1‑43 (MQ=255) gAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTAttg > 1:4580368/1‑62 (MQ=255) gAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCTtaat < 1:1200453/71‑1 (MQ=255) gAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCTtaa > 1:3570287/1‑70 (MQ=255) aaTTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCTtaata < 1:5821526/71‑1 (MQ=255) aTTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCTtaat > 1:6395204/1‑69 (MQ=255) aTTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCTtaa < 1:7718120/68‑1 (MQ=255) ttGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTAt > 1:7795740/1‑50 (MQ=255) ttGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCtt < 1:4869382/65‑1 (MQ=255) ttGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCtt < 1:892127/65‑1 (MQ=255) ttGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCt > 1:852070/1‑64 (MQ=255) aTAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCTTAATAAGaa < 1:2716748/70‑1 (MQ=255) tAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCTTAATAAGaaaa > 1:5390866/1‑71 (MQ=255) aGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCtt > 1:4066176/1‑60 (MQ=255) aGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCtt > 1:5071374/1‑60 (MQ=255) aGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCTTAATAAGAAAAc > 1:6109586/1‑71 (MQ=255) aTTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCTTAATAAGAAAACTg < 1:5162881/71‑1 (MQ=255) aaaaaTTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACt < 1:82043/38‑1 (MQ=255) aaaaaTTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACt < 1:6394462/38‑1 (MQ=255) aaaaaTTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACt < 1:6386031/38‑1 (MQ=255) aaaaaTTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTAttgt > 1:7257562/1‑50 (MQ=255) aaaaaTTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTAt < 1:2823176/47‑1 (MQ=255) aaaaaTTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTAt < 1:6411905/47‑1 (MQ=255) aaaaaTTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCTTAATAAGaaaa > 1:2698488/1‑65 (MQ=255) aaaaaTTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCTTAATAAGAAAACTGttt > 1:4260902/1‑71 (MQ=255) aaaaTTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACt < 1:2835484/37‑1 (MQ=255) aaaaTTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCTTAATAAGAAAACTGtttc < 1:3194772/71‑1 (MQ=255) aaTTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTAt < 1:5310339/44‑1 (MQ=255) aTTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGc > 1:5104708/1‑49 (MQ=255) aTTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCTTAATAAGaaaa > 1:5412376/1‑61 (MQ=255) aTTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCTTAATAAGaaaa > 1:7089630/1‑61 (MQ=255) aTAGTTCATATTTAAATAAAATAAGAACTATGAGTTATTGTTGCTTAATAAGAAAACTGTTTCTTTCaa < 1:423327/69‑1 (MQ=21) tAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTa < 1:6451701/36‑1 (MQ=255) tAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTa < 1:2797317/36‑1 (MQ=255) tAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTa < 1:6762121/36‑1 (MQ=255) tAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTa < 1:6447003/36‑1 (MQ=255) tAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCTTAATAAGAAAACTGTTTCTTTCAATAg < 1:2453154/71‑1 (MQ=255) aGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCTTAATAAGAAAACTGtttct > 1:6295488/1‑62 (MQ=255) gTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCTTAATAAGAAAACTGTTTCTTTCAATAgg > 1:5955621/1‑70 (MQ=255) ttCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCTTAATAAGaa > 1:5284119/1‑50 (MQ=255) ttCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCTTAATAAGAAAACTGTTTCTTTCAATAGGaa < 1:2090624/71‑1 (MQ=255) cTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCTTAATAAGAAAACTGTTTCTTTCAATAGGaaa < 1:7588382/70‑1 (MQ=255) ttattttattTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCTtaata > 1:5158554/1‑43 (MQ=255) ttattttattTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCTTAATAAGAAAACt < 1:7778841/51‑1 (MQ=255) | GGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCTTAATAAGAAAACTGTTTCTTTCAATAGGAAA > AP009048/1599908‑1600045 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |