Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | AP009048 | 1,746,015 | C→A | 7.7% | S282* (TCA→TAA) ‡ | mdtK → | multidrug efflux system transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AP009048 | 1,746,015 | 0 | C | A | 7.7% | 326.8 / 7.0 | 104 | S282* (TCA→TAA) ‡ | mdtK | multidrug efflux system transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/48); new base A (6/2); total (53/51) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.71e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.92e-01 |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
GTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCA > AP009048/1745945‑1746084 | gtGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTc < 1:7649076/71‑1 (MQ=255) gCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACt < 1:5171525/71‑1 (MQ=255) gCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTAAAGTTCag < 1:4259525/70‑2 (MQ=255) tGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATg > 1:2020581/1‑71 (MQ=255) ttAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATg < 1:2590057/69‑1 (MQ=255) ttAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATg < 1:2088173/69‑1 (MQ=255) aGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCg > 1:7040404/1‑71 (MQ=255) gtgtCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCg < 1:2071664/70‑1 (MQ=255) gtgtCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGt < 1:7876384/71‑1 (MQ=255) tgtCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTc < 1:4931693/68‑1 (MQ=255) ctcCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCa > 1:7660724/1‑56 (MQ=255) ctcCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTAAAGTTCagg > 1:3153850/1‑56 (MQ=255) ctcCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTAAAGTTCagg > 1:477960/1‑56 (MQ=255) cGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAAt > 1:6353498/1‑58 (MQ=255) cGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAAt > 1:252493/1‑58 (MQ=255) cGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTc < 1:3046366/69‑1 (MQ=255) gCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCaa < 1:4144455/71‑1 (MQ=255) gCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCATGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCaa < 1:6962731/71‑1 (MQ=255) cTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCaa > 1:3281981/1‑70 (MQ=255) cTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAAt < 1:1175890/71‑1 (MQ=255) cTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAAt < 1:7813226/71‑1 (MQ=255) tCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATg > 1:7027320/1‑71 (MQ=255) cGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGt > 1:2829649/1‑71 (MQ=255) ggTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTc < 1:6974278/71‑1 (MQ=255) gTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTc < 1:7342369/70‑1 (MQ=255) tATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGt > 1:4981553/1‑57 (MQ=255) ttgttgATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCa < 1:1459110/44‑1 (MQ=255) ttgttgATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCt < 1:4123700/70‑1 (MQ=255) ttgttgATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTg > 1:3629285/1‑71 (MQ=255) gttgATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGt > 1:1698320/1‑49 (MQ=255) gttgATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGt > 1:5613654/1‑49 (MQ=255) gttgATGTCGCAGGACACCAGATTACCCTGAACTTTAGTTCACTAATGt > 1:2702811/1‑49 (MQ=255) tGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTggcggc < 1:4581825/69‑1 (MQ=255) tGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCa > 1:1649979/1‑70 (MQ=255) gTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGc > 1:7692650/1‑71 (MQ=255) cGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACATTAGTGAACTaaag < 1:6610041/40‑3 (MQ=18) cGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACATTAGTGAACTaaag < 1:2163741/40‑3 (MQ=18) gCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGc > 1:4095656/1‑68 (MQ=255) gCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGc > 1:1486992/1‑68 (MQ=255) gCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCgg > 1:7863857/1‑70 (MQ=255) gCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGt < 1:3302284/71‑1 (MQ=255) gCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGt < 1:7017347/71‑1 (MQ=255) cAGGACACCAGATTGCCCTGAACATTAGTGAACTAAAGtt > 1:5502172/1‑40 (MQ=17) cAGGACACCAGATTGCCCTGAACATTAGTGAACTAAAGtt > 1:1011271/1‑40 (MQ=17) cAGGACACCAGATTGCCCTGAACATTAGTGAACTAAAGtt > 1:2306258/1‑40 (MQ=17) cAGGACACCAGATTGCCCTGAACATTAGTGAACTAAAGt > 1:5948181/1‑39 (MQ=17) aGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGt > 1:4475531/1‑53 (MQ=255) gACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACt < 1:3757491/71‑1 (MQ=255) acCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTGACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATc < 1:876131/71‑1 (MQ=255) acCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAg < 1:6862821/60‑1 (MQ=255) acCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATc < 1:124230/71‑1 (MQ=255) acCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATc < 1:7713019/71‑1 (MQ=255) acCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATc < 1:5613051/71‑1 (MQ=255) ccAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCg < 1:6258067/61‑1 (MQ=255) ccAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATc < 1:4087423/70‑1 (MQ=255) cAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGc > 1:7571647/1‑37 (MQ=255) cAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGc > 1:7330985/1‑37 (MQ=255) cAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGc > 1:6126037/1‑37 (MQ=255) cAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAg > 1:7494249/1‑58 (MQ=255) cAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCcg > 1:4321650/1‑71 (MQ=255) gATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCcgcg > 1:4221528/1‑71 (MQ=255) aTTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTg < 1:3383458/48‑1 (MQ=255) aTTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTg < 1:1645725/48‑1 (MQ=255) ttGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCcgcg > 1:5800979/1‑69 (MQ=255) gCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGAGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAg < 1:2845032/70‑1 (MQ=255) ccTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTggcggc < 1:4183616/48‑1 (MQ=255) ccTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTa < 1:2349045/67‑1 (MQ=255) cTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATg > 1:3366092/1‑36 (MQ=255) cTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTggcggc < 1:4690615/47‑1 (MQ=255) cTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGTCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTa < 1:3643394/71‑1 (MQ=255) cTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGt < 1:1813759/53‑1 (MQ=255) cTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTa < 1:5924873/71‑1 (MQ=255) cTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTa < 1:1491624/71‑1 (MQ=255) tGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTAt > 1:3569609/1‑71 (MQ=255) gAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCa > 1:4255535/1‑46 (MQ=255) gAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATc > 1:5148377/1‑71 (MQ=255) gAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATc > 1:4756688/1‑71 (MQ=255) gAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATc > 1:2337498/1‑71 (MQ=255) gAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATc > 1:3092577/1‑71 (MQ=255) gAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATc > 1:6142352/1‑71 (MQ=255) aaCTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTGGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATc < 1:2714952/70‑1 (MQ=255) aaCTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGc > 1:510348/1‑37 (MQ=255) aaCTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTa > 1:773948/1‑51 (MQ=255) aaCTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATc < 1:591674/70‑1 (MQ=255) aaCTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCg > 1:4808647/1‑71 (MQ=255) aaCTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCg > 1:2331468/1‑71 (MQ=255) aCTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCg > 1:6793359/1‑70 (MQ=255) aCTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGt < 1:7189405/71‑1 (MQ=255) aCTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGt < 1:3147848/71‑1 (MQ=255) cTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACt < 1:4811079/52‑1 (MQ=255) tttAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTa < 1:1281839/52‑1 (MQ=255) ttAGTTCACTAAAGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCACCGGTAACTa > 1:7649051/1‑51 (MQ=255) tAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCt < 1:1856819/69‑1 (MQ=255) aGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTgg < 1:3244287/70‑1 (MQ=255) gTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTgg < 1:7685657/69‑1 (MQ=255) gTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGt < 1:3046016/71‑1 (MQ=255) tCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGt > 1:5464048/1‑69 (MQ=255) cACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGc > 1:4202371/1‑37 (MQ=255) cACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCa < 1:1847188/70‑1 (MQ=255) cACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCa < 1:6975642/70‑1 (MQ=255) | GTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCA > AP009048/1745945‑1746084 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |