| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,960,632 | Δ1 bp | 11.8% | intergenic (+82/+338) | yjjV → / ← yjjW | predicted DNase/predicted pyruvate formate lyase activating enzyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,960,632 | 0 | A | . | 11.8% | 181.7 / 23.1 | 68 | intergenic (+82/+338) | yjjV/yjjW | predicted DNase/predicted pyruvate formate lyase activating enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/37); new base . (6/2); total (28/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.98e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.04e-01 | |||||||||||
CACGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGT‑GCCGAACCGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTG > Exported/2960566‑2960700 | cACGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACa > 1:4267331/1‑67 (MQ=40) aCGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGttt < 1:5107126/71‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGttt < 1:1152959/71‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGttt < 1:3897476/71‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGttt < 1:5113893/71‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGttt < 1:906616/71‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGtt < 1:4337452/70‑1 (MQ=255) gccgcATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTtgt < 1:5130565/71‑1 (MQ=255) cATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGtt < 1:1505818/64‑1 (MQ=255) cATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGT‑GCCg < 1:5335654/71‑1 (MQ=255) cATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGT‑GCCg < 1:3812197/71‑1 (MQ=255) cGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGT‑GCCGAAcc < 1:3181735/71‑1 (MQ=255) cGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGT‑GCCGAAcc < 1:5611335/71‑1 (MQ=255) cGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGT‑GCCGAAcc < 1:5618118/71‑1 (MQ=255) cGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGT‑GCCGAAcc < 1:1397052/71‑1 (MQ=255) cGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGT‑GCCGAAc < 1:2305480/70‑1 (MQ=255) ggCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGT‑GCCGAACCg < 1:3681392/71‑1 (MQ=255) cAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGT‑GCCGAACCg > 1:48225/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |