| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 834,703 | A→C | 21.0% | D1054A (GAT→GCT) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 834,703 | 0 | A | C | 21.0% | 168.7 / 55.4 | 100 | D1054A (GAT→GCT) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/53); new base C (12/9); total (38/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.48e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGATAGGC > Exported/834636‑834770 | gAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAttt > 1:2426852/1‑71 (MQ=255)gAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAttt < 1:4714232/71‑1 (MQ=255) gCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCg < 1:2854667/71‑1 (MQ=255) gCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCg > 1:3534533/1‑71 (MQ=255) cTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGAATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCgg < 1:5682121/71‑1 (MQ=255) aTCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa < 1:3230051/71‑1 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTg > 1:5589866/1‑68 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa > 1:1361191/1‑69 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa > 1:3302829/1‑69 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTCATTTCGGTGa > 1:4694891/1‑69 (MQ=255) ccgtGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGaaa < 1:5323375/67‑1 (MQ=255) ccgtGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAg > 1:214927/4‑71 (MQ=255) ccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGaaa < 1:275250/70‑1 (MQ=255) ccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGaaa < 1:212152/70‑1 (MQ=255) cATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa < 1:4888609/67‑1 (MQ=255) tGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCct < 1:1639736/71‑1 (MQ=255) tGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCct < 1:701343/71‑1 (MQ=255) tGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGAGGCGTGCTTTTGGTGAAAGCct < 1:1222393/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |