| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 834,986 | T→C | 27.4% | R1148R (CGT→CGC) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 834,986 | 0 | T | C | 27.4% | 141.6 / 61.6 | 95 | R1148R (CGT→CGC) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/33); new base C (18/8); total (54/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACC > Exported/834916‑835056 | ccAAAGATCTGGGTATCGCCGTTAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTTCTCTGACTGCCCGt < 1:618572/71‑1 (MQ=255)ccAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGt > 1:2396364/1‑71 (MQ=255) cAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGt > 1:158524/1‑70 (MQ=255) aGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCgg < 1:3748388/71‑1 (MQ=255) aGATCTGGGTATCGCCGA‑AACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGt > 1:133434/1‑71 (MQ=255) gATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGt < 1:3713258/71‑1 (MQ=255) cTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTg > 1:1986201/1‑70 (MQ=255) cTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTg > 1:1525425/1‑70 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |