| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 836,329 | A→C | 39.2% | T349T (ACA→ACC) | narH → | nitrate reductase 1, beta (Fe‑S) subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 836,329 | 0 | A | C | 39.2% | 13.7 / 85.0 | 72 | T349T (ACA→ACC) | narH | nitrate reductase 1, beta (Fe‑S) subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/17); new base C (17/11); total (44/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.94e-01 | |||||||||||
CAGTCGCCGGTTTATAAAATGGCAATGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTG > Exported/836261‑836395 | cagTCGACGGTTTATAAAATGGCAATGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACt > 1:1075077/1‑71 (MQ=255) gCCGGTTTATAAAATGGCAATGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGcc > 1:62041/1‑69 (MQ=255) gCCGGTTTATAAAATGGCAATGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGa < 1:1814838/71‑1 (MQ=255) gCCAGTCTACAATATGGCGATGGACTGGAAACTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGa < 1:4152390/71‑1 (MQ=255) ggTTTATAAAATGGCAATGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATgg > 1:1938163/1‑71 (MQ=255) tttATAAAATGGCAATGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCacac > 1:5177414/1‑60 (MQ=255) ttATAAAATGGCAATGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCt > 1:3313728/1‑71 (MQ=255) tacaaaaTGGCGATGGACTGGAAACTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTg > 1:5603427/4‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |