| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 209,541 | T→C | 5.2% | R55R (CGA→CGG) | yafC ← | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 209,541 | 0 | T | C | 5.2% | 266.8 / 3.8 | 96 | R55R (CGA→CGG) | yafC | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/48); new base C (2/3); total (45/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.90e-01 | |||||||||||
CATCTCCTGCAAAATTGACTGTACGCGACGAAAATAACGCTCGCCTTCTTCCGTCAGGCTAAGTTGTCGCGTGGTCCGATTAAGCAGGCTAACGCCAAGTTTCATCTCCAGCTTTTTCACCGCCCGGCTTACCGCTG > Exported/209475‑209611 | cATCTCCTGCAAAATTGACTGTACGCGACGAAAATAACGCTCGCCTTCTTCCGTCAGGCTAAGTTGTcgcg < 1:1088095/71‑1 (MQ=255) ctcGTGCAAAATTGACTGTACGCGACGAAAATAACGCTCGCCTTCTTCCGTCAGGCTAAGTTGTCGCGTgg > 1:2574399/1‑71 (MQ=255) cTGCAAAATTGACTGTACGCGACGAAAATAACGCTCGCCTTCTTCCGTCAGGCTAAGTTGTCGCGTGGTcc < 1:759366/71‑1 (MQ=255) cTGCAAAATTGACTGTACGCGACGAAAATAACGCTCGCCTTCTTCCGTCAGGCTAAGTTGTCGCGTGGTcc < 1:5459892/71‑1 (MQ=255) cTGCAAAATTGACTGTACGCGACGAAAATAACGCTCGCCTTCTTCCGTCAGGCTAAGTTGTCGCGTGGTcc < 1:173158/71‑1 (MQ=255) cTGCAAAATTGACTGTACGCGACGAAAATAACGCTCGCCTTCTTCCGTCAGGCTAAGTTGTCGCGTGGTc > 1:662960/1‑70 (MQ=255) cTGCAAAATTGACTGTACGCGACGAAAATAACGCTCGCCTTCTTCCGTCAGGCTAAGTTGTCGCGTGGTc > 1:3694864/1‑70 (MQ=255) tGCAAAATTGACTGTACGCGACGAAAATAACGCTCGCCTTCTTCCGTCAGGCTAAGTTGTCGCGTg < 1:687314/66‑1 (MQ=255) 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Exported/209475‑209611 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |