| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,015,733 | A→G | 25.3% | I112I (ATT→ATC) | fumA ← | aerobic Class I fumarate hydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,015,733 | 0 | A | G | 25.3% | 141.9 / 51.4 | 87 | I112I (ATT→ATC) | fumA | aerobic Class I fumarate hydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/33); new base G (11/11); total (43/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
GACACCGCGCGCCAGCGCCGCTTCATCACCACCACCGGTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAGGAAT > Exported/1015664‑1015802 | gACACCGCGCGCCAGCGCCGCTTCATCACCACCACCGGTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACaataa > 1:3811583/1‑71 (MQ=255) acacCGCGCGCCAGCGCCGCTTCATCACCACCCCCGGTCCATACCCGCTGCCCTTTTTTACCAACaataat > 1:520643/1‑71 (MQ=255) cacCGCGCGCCAGCGCCGCTTCATCACCACCACCGGTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATc < 1:3447993/71‑1 (MQ=255) acCGCGCGCCAGCGCCGCTTCATCACCACCACCGGTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATcg < 1:2695996/71‑1 (MQ=255) ccGCGCGCCAGCGCCGCTTCATCACCACCACCGGTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATcgc > 1:3982361/1‑71 (MQ=255) cgcgcgCCAGCGCCGCTTCATCACCACCACCGGTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATcg < 1:3658047/69‑1 (MQ=255) gcgcgcCAGCGCCGCTTCATCACCACCACCGGTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCgg > 1:232508/1‑71 (MQ=255) aGCGCCGCTTCATCACCACCACCGGTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCgg > 1:1551041/1‑70 (MQ=255) 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(MQ=255) acaaTAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTcgccgc < 1:5245579/53‑1 (MQ=255) acaaTAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTcgccgc < 1:5196834/53‑1 (MQ=255) acaaTAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTcgccgc < 1:1375116/53‑1 (MQ=255) caaTAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAg < 1:4250178/37‑1 (MQ=255) caaTAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAgg < 1:1928952/71‑1 (MQ=255) aataatCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGa > 1:3880397/1‑53 (MQ=255) aataatCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGa > 1:3872794/1‑53 (MQ=255) aataatCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGa > 1:3682989/1‑53 (MQ=255) aataatCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAgg > 1:3286898/1‑70 (MQ=255) ataatCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGaa > 1:3048017/1‑37 (MQ=255) ataatCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGaa > 1:3298993/1‑37 (MQ=255) taatCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAGGAAt > 1:2007616/1‑71 (MQ=255) | GACACCGCGCGCCAGCGCCGCTTCATCACCACCACCGGTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAGGAAT > Exported/1015664‑1015802 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |