| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,015,760 | T→C | 24.4% | P103P (CCA→CCG) | fumA ← | aerobic Class I fumarate hydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,015,760 | 0 | T | C | 24.4% | 150.3 / 51.0 | 90 | P103P (CCA→CCG) | fumA | aerobic Class I fumarate hydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/26); new base C (10/12); total (52/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
CCACCGGTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATATTTATCATT > Exported/1015695‑1015825 | ccgccGGTCCACACGCGCTGGCCTTTTTTACCGACGATGATCGCGGTGCCGGTATCCTGGCAGGTCGGCAg < 1:2558444/68‑1 (MQ=255)ccaccGGTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAg < 1:1060718/71‑1 (MQ=255) caccGGTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGa < 1:3155127/71‑1 (MQ=255) caccGGTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGa < 1:304152/71‑1 (MQ=255) ccGGTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGaa > 1:1963509/1‑70 (MQ=255) ggTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGaa > 1:3296863/1‑68 (MQ=255) gTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGcc > 1:4816617/1‑71 (MQ=255) gTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGc < 1:37240/70‑1 (MQ=255) aTACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAg < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |