| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 218,082 | T→C | 9.3% | I23I (ATT→ATC) | yafF → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 218,082 | 0 | T | C | 9.3% | 618.6 / 37.4 | 224 | I23I (ATT→ATC) | yafF | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (105/98); new base C (10/11); total (115/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
TAATGAATGAAGACGACTACAAAATAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCA > Exported/218012‑218152 | tAATGAATGAAGACGACTGCAAAATAAGAAGAGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACAtt > 1:4631755/1‑71 (MQ=255) aatgaatgAAGACGACTACAAAATAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCATGGATACGGCACATTg > 1:2279801/1‑71 (MQ=255) atgaatgaAGACGACTGCAAAATAAGAAGAGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACAtt > 1:3275949/1‑69 (MQ=255) atgaatgaAGACGACTGCAAAATAAGAAGAGGAAACGCCGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATCGc > 1:4188913/1‑71 (MQ=255) tgaaGACGACTGCAAAATAAGAAGAGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTAtt > 1:1028655/1‑70 (MQ=255) tgaaGACGACTGCAAAATAAGAAGAGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTAtt > 1:4497363/1‑70 (MQ=255) tgaaGACGACCGCAAAATAAGAAGAGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTAtt > 1:5295270/1‑70 (MQ=255) cgacTGCAAAATAAGAAGAGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATAttt > 1:2850084/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |