| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,259,400 | C→A | 9.3% | S508S (TCG→TCT) | torZ ← | trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,259,400 | 0 | C | A | 9.3% | 514.3 / 21.2 | 161 | S508S (TCG→TCT) | torZ | trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (54/92); new base A (7/8); total (61/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
CAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCATTCAGAAACGA > Exported/1259330‑1259467 | cAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc < 1:658400/71‑1 (MQ=255) aGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc > 1:4465805/1‑70 (MQ=255) aGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc > 1:1588531/1‑70 (MQ=255) cttGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGag > 1:4764540/3‑70 (MQ=255) cTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtg < 1:2590335/71‑1 (MQ=255) tGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgt > 1:1590814/1‑71 (MQ=255) tGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCCCTCAAACGAtgt > 1:3636816/1‑71 (MQ=255) gCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACg < 1:5129294/66‑1 (MQ=255) gCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg > 1:5367628/1‑71 (MQ=255) gCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGAAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg > 1:3960892/1‑71 (MQ=255) cTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg < 1:2951810/70‑1 (MQ=255) ttCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCATAc < 1:936273/63‑1 (MQ=255) ttCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc < 1:5655367/63‑1 (MQ=255) cATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGgtagtc < 1:1185271/70‑2 (MQ=255) aTCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGgtagtcg > 1:3031055/1‑68 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt < 1:3427176/71‑1 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt < 1:2179754/71‑1 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCCGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt < 1:5504730/71‑1 (MQ=255) tCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgt < 1:2926890/64‑1 (MQ=255) cGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCg > 1:2755171/1‑71 (MQ=255) ggCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCgg > 1:4789844/1‑71 (MQ=255) ggCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCgg > 1:3561097/1‑71 (MQ=255) acaATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa < 1:4583160/71‑1 (MQ=255) caATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa < 1:490495/70‑1 (MQ=255) atatGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATAc < 1:3534282/71‑1 (MQ=255) atGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAggtag < 1:2124817/56‑3 (MQ=255) tGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCg < 1:1314701/61‑1 (MQ=255) tGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCg < 1:1206339/61‑1 (MQ=255) tGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCg < 1:3453030/61‑1 (MQ=255) cTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGt > 1:1988109/1‑61 (MQ=255) tGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATc > 1:3721769/1‑71 (MQ=255) ggTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg < 1:5346000/50‑1 (MQ=255) ttGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa < 1:2762776/59‑1 (MQ=255) ttGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGc < 1:686288/71‑1 (MQ=255) ttGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGc > 1:1784590/1‑71 (MQ=255) tGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCg > 1:4543770/1‑71 (MQ=255) cTGTAATCACCGGTCATCGTCAGGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGatat < 1:1289311/64‑1 (MQ=255) cTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGatat < 1:2881304/64‑1 (MQ=255) cTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGatat < 1:5223313/64‑1 (MQ=255) cTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCgtg < 1:3827125/71‑1 (MQ=255) cTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCgtg < 1:444180/71‑1 (MQ=255) tGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGat < 1:4050599/61‑1 (MQ=255) tAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAAt < 1:862157/54‑1 (MQ=255) tAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCgtgt < 1:4390851/69‑1 (MQ=255) tAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCgtgt < 1:2722238/69‑1 (MQ=255) tAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCgtgt < 1:3881979/69‑1 (MQ=255) tAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGttt < 1:4623724/71‑1 (MQ=255) aaTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGatat > 1:1681590/1‑60 (MQ=255) aaTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGatat > 1:4503763/1‑60 (MQ=255) aTCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGGTAGTCGCAGGCAGAACGATATCCGCGTGtttt < 1:2177162/70‑2 (MQ=255) aTCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGGTAGTCGCAGGCAGAACGATATCCGCGTGttt < 1:5589473/69‑1 (MQ=255) aTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGAAATCTGCGTGATTgg > 1:4029971/1‑71 (MQ=255) cACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg > 1:2396140/1‑38 (MQ=255) cACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGatat < 1:5570248/57‑1 (MQ=255) ggTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATa > 1:2897523/1‑47 (MQ=255) gTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACg < 1:4564207/48‑1 (MQ=255) gTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACg < 1:3171506/48‑1 (MQ=255) gTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACg < 1:4284283/48‑1 (MQ=255) gTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCtgctgc < 1:4721906/71‑1 (MQ=255) gTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCtgctgc > 1:3286922/1‑71 (MQ=255) gTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCtgctgc > 1:5463484/1‑71 (MQ=255) cATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCg > 1:764864/1‑38 (MQ=255) aTCGTCAATTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGt > 1:5305472/1‑39 (MQ=255) aTCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTa > 1:4114240/1‑40 (MQ=255) aTCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCgg < 1:765810/70‑1 (MQ=255) aTCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCAGCGTGTTTGGCTGCTGCgg < 1:4417518/70‑1 (MQ=255) tCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTc < 1:3350016/71‑1 (MQ=255) tCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTc < 1:2384150/71‑1 (MQ=255) tCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTc < 1:2339613/71‑1 (MQ=255) tCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTc < 1:5424269/71‑1 (MQ=255) cGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTc > 1:1160132/1‑70 (MQ=255) gTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGtt > 1:2228763/1‑55 (MQ=255) gTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCg > 1:4972986/1‑66 (MQ=255) tCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTc < 1:1523854/68‑1 (MQ=255) tCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTc < 1:420713/68‑1 (MQ=255) tCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTc < 1:5381198/68‑1 (MQ=255) tCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTc < 1:2079134/68‑1 (MQ=255) aaGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGgctgc < 1:4288156/59‑1 (MQ=255) aaGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGgctgc < 1:2487971/59‑1 (MQ=255) aaGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGgctgc < 1:1397707/59‑1 (MQ=255) aaGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGgctgc < 1:3013925/59‑1 (MQ=255) aaGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAg > 1:1000552/1‑69 (MQ=255) tCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCgtg < 1:1042813/47‑1 (MQ=255) tCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCgtg < 1:1764600/47‑1 (MQ=255) tCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAg > 1:169152/1‑66 (MQ=255) aTTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGttt < 1:1238108/48‑1 (MQ=255) aTTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCAtt < 1:2605661/71‑1 (MQ=255) ttGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGtt < 1:3445016/46‑1 (MQ=255) tGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTgg > 1:1819848/1‑48 (MQ=255) cTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGctgctg < 1:4914621/50‑1 (MQ=255) cTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTc > 1:1655943/1‑55 (MQ=255) cTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTc > 1:3491838/1‑55 (MQ=255) cTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTc > 1:1773532/1‑55 (MQ=255) tCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCgtg < 1:4693206/38‑1 (MQ=255) tCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCgtg < 1:628241/38‑1 (MQ=255) tCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTc < 1:5618760/54‑1 (MQ=255) cAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCATTCAGAAac > 1:5111383/1‑70 (MQ=255) aaaCGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCGTTCAGAAac < 1:4940201/69‑1 (MQ=255) aaaCGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCATTCAGAAacga > 1:2865340/1‑71 (MQ=255) aaaCGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCATTCAGAAac < 1:1627499/69‑1 (MQ=255) | CAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGGTCCAGTAGCATTCAGAAACGA > Exported/1259330‑1259467 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |