| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,093,721 | A→G | 15.6% | L377L (CTT→CTC) | tdcG ← | L‑serine dehydratase 3 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,093,721 | 0 | A | G | 15.6% | 226.5 / 28.8 | 96 | L377L (CTT→CTC) | tdcG | L‑serine dehydratase 3 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/42); new base G (12/3); total (51/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.67e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GGCATTAATGGCATTACGTTCAATGCACGGGATTTGTACCTGTCCGGCAACCGGATCGCAGGTCAGCCCAAGGTTATGCTCCATCGCGATTTCCGCCGCATTGCATACCTGCGCCGGACTGCCGCCCAGTAGTTCAGTTA > Exported/2093652‑2093791 | ggCATTAATGGCATTACGTTCAATGCACGGGATTTGTACCTGTCCGGCAACCGGATCGCAGGTCAGCCCaa < 1:1316666/71‑1 (MQ=255)ggCATTAATGGCATTACGTTCAATGCACGGGATTTGTACCTGTCCGGCAACCGGATCGCAGGTCAGCCCaa < 1:4417386/71‑1 (MQ=255) cATTAATGGCATTACGTTCAATGCACGGGATTTGTACCTGTCCGGCAACCGGATCGCAGGTCAGCCCAAgg > 1:1290078/1‑71 (MQ=255) aTTAATGGCATTACGTTCAATGCACGGGATTTGTACCTGTCCGGCAACCGGATCGCAGGTCAGCCCAAGGt < 1:3518293/71‑1 (MQ=255) aaTGGCATTACGTTCAATGCACGGGATTTGTACCTGTCCGGCAACCGGATCGCAGGTCAGCCCAAGGTTAt > 1:62536/1‑71 (MQ=255) tGGCATTACGTTCAATGCACGGGATTTGTACCTGTCCGGCAACCGGATCGCAGGTCAGCCCa < 1:2850388/62‑1 (MQ=255) tGGCATTACGTTCAATGCACGGGATTTGTACCTGTCCGGCAACCGGATCGCAGGTCAGCCCa < 1:4082327/62‑1 (MQ=255) ggCGTTACGCTCGATGCATGGCACCTGTACCTGTCCGGCGACCGGGTCACACGTCAGACCGAGGTTGTGCt > 1:72115/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |