| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,220,162 | A→G | 8.1% | intergenic (+422/‑556) | yhdH → / → accB | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding/acetyl CoA carboxylase, BCCP subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,220,162 | 0 | A | G | 8.1% | 238.2 / 8.9 | 86 | intergenic (+422/‑556) | yhdH/accB | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding/acetyl CoA carboxylase, BCCP subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/37); new base G (4/3); total (46/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.46e-01 | |||||||||||
TCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATCCTGGCATCCCTACATTATTTGTGGTCTGTG > Exported/2220094‑2220229 | tCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGc < 1:3751093/71‑1 (MQ=255) cGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGc > 1:4576284/1‑70 (MQ=255) cGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCAAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGc > 1:1518973/1‑70 (MQ=255) ggTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGCaa > 1:1695143/1‑71 (MQ=255) ttGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGc > 1:3907912/1‑70 (MQ=255) ttGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCg > 1:48508/1‑71 (MQ=255) ttGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCg > 1:5294878/1‑71 (MQ=255) gCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGt < 1:3470197/70‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |