| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,571,357 | C→A | 26.6% | intergenic (+125/‑1654) | yibH → / → ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,571,357 | 0 | C | A | 26.6% | 296.5 / 80.4 | 146 | intergenic (+125/‑1654) | yibH/ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/74); new base A (21/18); total (54/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.27e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.12e-01 | |||||||||||
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
TATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACTATACATCGTCGAGATCGCAATGAT > Exported/2571289‑2571427 | tatTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGctc > 1:2352113/1‑71 (MQ=255) atTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGctct > 1:5669681/1‑71 (MQ=255) atTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGctct > 1:4021442/1‑71 (MQ=255) cATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGa > 1:2016698/1‑71 (MQ=255) ttAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGAtt > 1:598891/1‑71 (MQ=255) tAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGTAtt < 1:225473/70‑1 (MQ=255) aGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGAttt < 1:2451652/70‑1 (MQ=255) tgatgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGAtttctt < 1:4252406/69‑1 (MQ=255) 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TATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACTATACATCGTCGAGATCGCAATGAT > Exported/2571289‑2571427 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |