| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,946,407 | G→A | 78.4% | intergenic (‑121/+121) | fecI ← / ← dnaC | RNA polymerase, sigma 19 factor/DNA biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,946,407 | 0 | G | A | 78.4% | 207.3 / 54.0 | 111 | intergenic (‑121/+121) | fecI/dnaC | RNA polymerase, sigma 19 factor/DNA biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/8); new base A (43/44); total (59/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.26e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GTTATCATTACAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCATGATG > Exported/2946338‑2946474 | gTTATCATTACAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGtgttgt < 1:3927496/71‑1 (MQ=255)gTTATCATTACAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGtgttg > 1:4412795/1‑70 (MQ=255) aTCATTACAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAag > 1:5059128/1‑71 (MQ=255) tCATTACAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAag < 1:3649818/70‑1 (MQ=255) aTTACAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAaggt < 1:2497535/70‑1 (MQ=255) aTTACAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAagg > 1:3662092/1‑69 (MQ=255) aTTACAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAagg > 1:2398297/1‑69 (MQ=255) ttACAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAaggtag < 1:5193877/71‑1 (MQ=255) aaTTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGtat < 1:2939083/71‑1 (MQ=255) aaaTAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATaaaa < 1:1830628/69‑1 (MQ=255) aaaTAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATg < 1:2912234/71‑1 (MQ=255) aataatATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATaa < 1:1943724/66‑1 (MQ=255) aaTAAAATTGTTTCCAATAGTCATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATgg < 1:2178097/71‑1 (MQ=255) aaTAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATgg < 1:5528218/71‑1 (MQ=255) aaTAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAag > 1:3313605/1‑56 (MQ=255) aaTAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGtata < 1:610227/65‑1 (MQ=255) aaTAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATgg < 1:1053195/71‑1 (MQ=255) tAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGa > 1:2432883/1‑71 (MQ=255) aaaTTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAaggta < 1:887936/55‑1 (MQ=255) aaaTTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAaggta < 1:3904877/55‑1 (MQ=255) aaaTTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAaggta < 1:5533329/55‑1 (MQ=255) aaTTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATg > 1:3148511/1‑65 (MQ=255) aaTTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAAt < 1:1654502/64‑1 (MQ=255) aaTTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAAt < 1:2159547/64‑1 (MQ=255) aaTTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAAt < 1:3970740/64‑1 (MQ=255) ttGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAag > 1:4868027/1‑49 (MQ=255) ttGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATaaa > 1:196488/1‑60 (MQ=255) ttGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATaaa > 1:1480459/1‑60 (MQ=255) gTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATg > 1:5486237/1‑61 (MQ=255) gTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATg > 1:4527271/1‑61 (MQ=255) gTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGa > 1:676627/1‑64 (MQ=255) tttCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATgg < 1:3335845/61‑1 (MQ=255) tttCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGcc < 1:1741337/70‑1 (MQ=255) ttCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCct > 1:4360146/1‑70 (MQ=255) tCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAaggt > 1:4140920/1‑46 (MQ=255) cAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGa > 1:3880672/1‑63 (MQ=255) cAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATg > 1:4091454/1‑61 (MQ=255) cAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGc < 1:2524049/71‑1 (MQ=255) cAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGc > 1:5614409/1‑71 (MQ=255) cAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGc < 1:1260887/71‑1 (MQ=255) cAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGc > 1:3644090/1‑71 (MQ=255) aaTAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCt < 1:4053747/71‑1 (MQ=255) aTAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCtt > 1:4616064/1‑71 (MQ=255) aTAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCtt > 1:3176177/1‑71 (MQ=255) aTAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCtt > 1:4203284/1‑71 (MQ=255) aTAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATaaa < 1:751446/51‑1 (MQ=255) aTAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATaaa < 1:1131929/51‑1 (MQ=255) aTAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATaaa < 1:3195003/51‑1 (MQ=255) aTAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATaaa < 1:2232489/51‑1 (MQ=255) tAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAag > 1:5692346/1‑39 (MQ=255) tAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATaaa < 1:5173233/50‑1 (MQ=255) aGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATaaaa > 1:2375826/1‑50 (MQ=255) gACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATgg < 1:2851989/52‑1 (MQ=255) gACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGa > 1:5388260/1‑58 (MQ=255) gACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTACGTATaa < 1:732130/47‑1 (MQ=255) aCATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAaggt < 1:120539/38‑1 (MQ=255) cATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATaaaa > 1:1210148/1‑47 (MQ=255) cATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATaaaa > 1:2800386/1‑47 (MQ=255) cATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTgg < 1:5007717/70‑1 (MQ=255) aTTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCa > 1:5408/1‑71 (MQ=255) aTTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCa > 1:3427589/1‑71 (MQ=255) aTTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGc > 1:3388612/1‑57 (MQ=255) aTTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCa > 1:2576850/1‑71 (MQ=255) tttttAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGtat < 1:1297479/41‑1 (MQ=255) tttttAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGtat < 1:5120476/41‑1 (MQ=255) tttttAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGtat < 1:1671327/41‑1 (MQ=255) tttttAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATaaaa < 1:2140003/45‑1 (MQ=255) ttttAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCAtg > 1:2116373/1‑71 (MQ=255) tttAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGa > 1:5128605/1‑48 (MQ=255) tttAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTg > 1:2885880/1‑59 (MQ=255) tttAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATg > 1:1735250/1‑45 (MQ=255) tttAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATg > 1:241957/1‑45 (MQ=255) ttAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCAtgt < 1:2674206/70‑1 (MQ=255) ttAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCAtgt < 1:563415/70‑1 (MQ=255) tAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCa > 1:1433359/1‑66 (MQ=255) tAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATgtgt > 1:3830289/1‑71 (MQ=255) aCATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCg > 1:162154/1‑71 (MQ=255) aCATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCct > 1:5344837/1‑52 (MQ=255) aCATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGc > 1:765015/1‑56 (MQ=255) cATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCgg > 1:1454637/1‑71 (MQ=255) aTGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGt < 1:2190638/71‑1 (MQ=255) aTGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGt < 1:2738028/71‑1 (MQ=255) aTGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGt < 1:5515239/71‑1 (MQ=255) ttgttTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAg < 1:4502009/71‑1 (MQ=255) tgttTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGTGATgg > 1:46678/1‑41 (MQ=255) tgttTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAg > 1:1269848/1‑70 (MQ=255) tgttTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAg > 1:1969940/1‑70 (MQ=255) gttTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGaa > 1:3519701/1‑71 (MQ=255) tttttCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCAtg > 1:4748484/1‑58 (MQ=255) ttttCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAAt > 1:1348751/1‑70 (MQ=255) ttttCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAAt > 1:2844351/1‑70 (MQ=255) tttCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGa > 1:3645019/1‑71 (MQ=255) cTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACt < 1:3910347/70‑1 (MQ=255) cTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACt < 1:1578711/70‑1 (MQ=255) aGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCat > 1:541494/1‑70 (MQ=255) tgttatAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTg > 1:4057233/1‑43 (MQ=255) tgttatAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTg > 1:1910848/1‑43 (MQ=255) tgttatAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCatgat < 1:1298/71‑1 (MQ=255) gttatAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCatgatg > 1:5027107/1‑71 (MQ=255) ttgtAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGGCAg < 1:564302/56‑1 (MQ=255) | GTTATCATTACAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCATGATG > Exported/2946338‑2946474 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |