| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 385,189 | C→T | 12.5% | F133F (TTC→TTT) | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 385,189 | 0 | C | T | 12.5% | 163.4 / 11.9 | 64 | F133F (TTC→TTT) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/24); new base T (2/6); total (34/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.40e-01 | |||||||||||
TGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGG > Exported/385122‑385258 | tGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAGGACTTTATg < 1:4973445/71‑1 (MQ=255)tGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTAGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATg > 1:5038970/1‑71 (MQ=255) tACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAGGACTTTATGGTGCt > 1:268300/1‑71 (MQ=255) tACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAGGACTTTATGGTGCt > 1:2429487/1‑71 (MQ=255) ccTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgt < 1:3102020/71‑1 (MQ=255) cTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgtt > 1:4242997/1‑71 (MQ=255) ccGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgtttgt > 1:4970713/1‑71 (MQ=255) ggggATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCa > 1:3114377/1‑56 (MQ=255) ggggATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCa > 1:890358/1‑56 (MQ=255) ggATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCt < 1:3221073/71‑1 (MQ=255) ggATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCt < 1:416204/71‑1 (MQ=255) gatgatCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCt < 1:356398/70‑1 (MQ=255) gatCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTAcgc > 1:4146158/1‑71 (MQ=255) gctgctGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAGGACTTTATGGTGCTGTTTATCTCCTCTCGCCGt < 1:3090677/70‑1 (MQ=255) gctgctGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAGGACTTTATGGTGCTGTTTATCTCCTCTCGCCGt < 1:1542498/70‑1 (MQ=255) gctgctGGCGGGGGGCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAGGACTTTATGGTGCTGTTTATCTCCTCTCGCCGt < 1:500199/70‑1 (MQ=255) gctgctCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGcc < 1:4305117/68‑1 (MQ=255) gctgctCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGt < 1:2458152/70‑1 (MQ=255) gctgctCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGt < 1:4418362/70‑1 (MQ=255) gctgctCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGt < 1:3200192/70‑1 (MQ=255) ctgctgGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAGGACTTTATGGTGCtgttt < 1:1922410/54‑1 (MQ=255) cGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGtc > 1:5490728/1‑71 (MQ=255) gCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGtcg > 1:3046235/1‑71 (MQ=255) ggggTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGt < 1:5310234/66‑1 (MQ=255) gggTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGtcgc‑tc < 1:1595512/70‑1 (MQ=255) ggtggtTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGtcgc‑tcgc > 1:3698662/1‑71 (MQ=255) gtggtTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTcgc‑tcgct < 1:1056214/71‑1 (MQ=255) gtTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTa < 1:1259021/46‑1 (MQ=255) tctcGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGt > 1:4414246/1‑70 (MQ=255) tctcGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGt > 1:4562062/1‑70 (MQ=255) tctcGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGt > 1:1874767/1‑70 (MQ=255) ctcGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTa > 1:5014995/1‑43 (MQ=255) ctcGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGt > 1:2785190/1‑69 (MQ=255) ctcGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTg < 1:614695/70‑1 (MQ=255) tcGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTc < 1:365446/40‑1 (MQ=255) gCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgtttgtt > 1:372742/1‑36 (MQ=255) gCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTgtttgttt > 1:2593068/1‑37 (MQ=255) gCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTgtttgttt > 1:400031/1‑37 (MQ=255) gCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTgtttgttt > 1:2460449/1‑37 (MQ=255) gCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTc < 1:5469044/38‑1 (MQ=255) gCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGc < 1:2879691/70‑1 (MQ=255) gCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCt > 1:2012251/1‑71 (MQ=255) ccGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTg < 1:5132589/71‑1 (MQ=255) ggtgcggtgcAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGt > 1:3763399/1‑71 (MQ=255) gtgcggtgcAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTc < 1:1909713/71‑1 (MQ=255) tgcggtgcAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACgg < 1:2536175/48‑1 (MQ=255) ggtgcAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAaag < 1:1055205/71‑1 (MQ=255) gtgcAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGCTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAaaga < 1:1892611/71‑1 (MQ=255) aGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTg < 1:5526870/54‑1 (MQ=255) ggATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTg < 1:3461564/53‑1 (MQ=255) ggACTTTATGGTGCTGTTTATCTCCTCTCGCCGTAATGG‑CGCATCTCTTGGTGAGATGATCAAAGAagag < 1:1528555/70‑1 (MQ=255) gATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAg > 1:5634270/1‑54 (MQ=255) gATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAg > 1:2791026/1‑54 (MQ=255) aTTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATg > 1:3716572/1‑71 (MQ=255) tttCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGt > 1:3688679/1‑37 (MQ=255) tttCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGt > 1:56949/1‑37 (MQ=255) tttCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGt > 1:881978/1‑37 (MQ=255) tttCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATgg < 1:3741813/71‑1 (MQ=255) tttCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATgg > 1:3351490/1‑71 (MQ=255) tCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAaagaa > 1:1069574/1‑62 (MQ=255) tCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAaagaa > 1:4164555/1‑62 (MQ=255) tCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAaagaa > 1:741553/1‑62 (MQ=255) tCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATgggg > 1:1642879/1‑71 (MQ=255) tCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATgggg > 1:2193180/1‑71 (MQ=255) | TGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGG > Exported/385122‑385258 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |