| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 385,610 | T→C | 10.0% | L274L (TTA→CTA) ‡ | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 385,610 | 0 | T | C | 10.0% | 157.0 / 7.6 | 60 | L274L (TTA→CTA) ‡ | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/26); new base C (2/4); total (30/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
CTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGG > Exported/385540‑385680 | cTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGt < 1:4412872/71‑1 (MQ=255) ttACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTa > 1:4822375/1‑71 (MQ=255) aCCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTAct > 1:196598/1‑71 (MQ=255) gCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACTGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTActgctg > 1:3156345/1‑71 (MQ=255) gCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTActgctg > 1:3949890/1‑71 (MQ=255) cAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGccc < 1:1764602/70‑1 (MQ=255) aGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCcg < 1:3206180/71‑1 (MQ=255) ttGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGATGGCCCcccg > 1:852744/1‑71 (MQ=255) gACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGt > 1:5671959/1‑70 (MQ=255) gACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGt > 1:1315308/1‑70 (MQ=255) ccTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGAc > 1:5090822/1‑71 (MQ=255) cTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGt < 1:3908492/50‑1 (MQ=255) cTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTAc < 1:311343/53‑1 (MQ=255) cTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTAc < 1:1617529/53‑1 (MQ=255) cTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTAc < 1:851523/53‑1 (MQ=255) tGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGt < 1:3426460/49‑1 (MQ=255) ggATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTa > 1:759079/1‑50 (MQ=255) ggATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTa > 1:573667/1‑50 (MQ=255) ggATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTAc > 1:4665770/1‑71 (MQ=255) ggATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCACCGCGTg > 1:5331024/1‑66 (MQ=255) gATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGcccc > 1:4819517/1‑60 (MQ=255) gATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTAcc > 1:1069388/1‑71 (MQ=255) gATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTAcc > 1:4752566/1‑71 (MQ=255) gATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTAc < 1:4483431/70‑1 (MQ=255) aTGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACct > 1:4723507/1‑71 (MQ=255) ggtggGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTa > 1:4706999/1‑71 (MQ=255) ggtggGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTa > 1:144673/1‑71 (MQ=255) gtggGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTAc > 1:2173621/1‑71 (MQ=255) tggGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGt < 1:2747739/39‑1 (MQ=255) tggGTTACGGTTTTGTGGCAGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTActgctg < 1:2753046/47‑1 (MQ=255) gTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTAct < 1:1890492/40‑1 (MQ=255) gTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTc < 1:3594466/71‑1 (MQ=255) tACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCt > 1:556715/1‑71 (MQ=255) tACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCt > 1:4062551/1‑71 (MQ=255) aCGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTAcc > 1:4165621/1‑57 (MQ=255) ggTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGaa < 1:833257/71‑1 (MQ=255) gTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGaaa < 1:1130967/71‑1 (MQ=255) ttGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTcc < 1:2931034/63‑1 (MQ=255) ttGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATc > 1:3968050/1‑71 (MQ=255) gcggTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATc < 1:2092252/63‑1 (MQ=255) gcggTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATc < 1:5671157/63‑1 (MQ=255) gcggTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATc < 1:5542898/63‑1 (MQ=255) gcggTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATc < 1:3265248/63‑1 (MQ=255) cactgctgcCAGTGTGGCTGATCCTCGCACCGCGCGACTATCTGGCAACCTTCCTGaaaa > 1:907676/4‑60 (MQ=255) tgctgcCAGTGTGGCTGATCCTCGCACCGCGCGACTATCTGGCAACCTTCCTGa < 1:3358470/54‑1 (MQ=255) gctgcCAGTGTGGCTGATCCTCGCACCGCGCGACTATCTGGCAACCTTCCTGAAAATCGGCGTTAtcgtcg > 1:3116366/1‑71 (MQ=255) ctgcCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTa > 1:1879722/1‑64 (MQ=255) ctgcCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCgg < 1:4568831/71‑1 (MQ=255) ctgcCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCgg > 1:1053986/1‑71 (MQ=255) ctgcCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCgg > 1:3163480/1‑71 (MQ=255) ctgcCAGTGTGGCTGATCCTCGCACCGCGCGACTATCTGGCAACCTTCCTGAAAATCGGCGTTAtcgtcg < 1:5292467/70‑1 (MQ=255) ctgcCAGTGTGGCTGATCCTCGCACCGCGCGACTATCTGGCAACCTTCCTGAAAATCGGCGTTAtcgtc < 1:5149104/69‑1 (MQ=255) ctgcCAGTGTGGCTGATCCTCGCACCGCGCGACTATCTGGCAACCTTCCTGAAAATCGGCGTTAtcgtc < 1:1211863/69‑1 (MQ=255) ccGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGa < 1:1612282/49‑1 (MQ=255) ccGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCgg < 1:5232363/68‑1 (MQ=255) ccGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCgg < 1:1553514/68‑1 (MQ=255) ggTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTg < 1:1446727/70‑1 (MQ=255) tgtgGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGc < 1:5483196/70‑1 (MQ=255) tgtgGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCg < 1:457091/71‑1 (MQ=255) gtgGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCgg > 1:2327305/1‑71 (MQ=255) tgGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGaa < 1:2177273/44‑1 (MQ=255) gTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATGGTCGGt < 1:5998/61‑1 (MQ=255) gTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCTGTCTGGCGGTAg < 1:1606371/71‑1 (MQ=255) gTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAg > 1:3797468/1‑71 (MQ=255) ttACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAgg > 1:2483854/1‑71 (MQ=255) | CTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGG > Exported/385540‑385680 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |