| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 385,780 | T→C | 26.2% | F330F (TTT→TTC) | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 385,780 | 0 | T | C | 26.2% | 156.7 / 61.4 | 99 | F330F (TTT→TTC) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/39); new base C (18/8); total (52/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.69e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGA > Exported/385711‑385847 | gCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTa > 1:3015739/1‑71 (MQ=255) ccTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTAt > 1:267907/1‑71 (MQ=255) ccTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTAt > 1:1176196/1‑71 (MQ=255) tGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTAt < 1:5184631/69‑1 (MQ=255) gcgcTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCAc > 1:3218/1‑71 (MQ=255) cgcTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCAc > 1:5528319/1‑70 (MQ=255) aCCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGc > 1:153575/1‑71 (MQ=255) ccAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGcc < 1:412730/71‑1 (MQ=255) cAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTAt > 1:1437279/1‑60 (MQ=255) aaTTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCtgt > 1:704952/1‑71 (MQ=255) aaTTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCtgt > 1:4366406/1‑71 (MQ=255) aTTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCtgtg < 1:534802/71‑1 (MQ=255) ttGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCtga > 1:5220164/1‑67 (MQ=255) ttGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGgc > 1:5664158/1‑71 (MQ=255) tGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGgcg > 1:454788/1‑71 (MQ=255) gATTGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGgt < 1:5600569/71‑1 (MQ=255) gATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGgt < 1:2073417/71‑1 (MQ=255) tGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGgtgt < 1:381716/71‑1 (MQ=255) tGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGgtg > 1:757379/1‑70 (MQ=255) ggCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTc > 1:3297794/1‑71 (MQ=255) ggCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTc > 1:1851656/1‑71 (MQ=255) gCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTc < 1:3043332/70‑1 (MQ=255) gCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCt < 1:3771173/71‑1 (MQ=255) gCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCt < 1:208726/71‑1 (MQ=255) gCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCt > 1:1195516/1‑71 (MQ=255) gCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCt < 1:2961331/71‑1 (MQ=255) cACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTg > 1:1514140/1‑71 (MQ=255) aCTGGCCCGGTGTGGTCGGGCAATGTGTTCCCCTTCCTGTTCATCACCATCGCCTGCGGCGCCgtc < 1:5583916/66‑2 (MQ=255) aCTGGCCCGGTGTGGTCGGGCAATGTGTTCCCCTTCCTGTTCATCACCATCGCCTGCGGCGCCgtc < 1:3076186/66‑2 (MQ=255) cTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCtg < 1:3663082/55‑1 (MQ=255) cTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCtg < 1:4638015/55‑1 (MQ=255) cTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGc > 1:1656502/1‑71 (MQ=255) cTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGc > 1:3721522/1‑71 (MQ=255) tGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCtg < 1:5119357/54‑1 (MQ=255) ggCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATc > 1:5134494/1‑42 (MQ=255) gCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCC‑‑TGGCGCGGTGTCTGGCTTc < 1:2628831/69‑1 (MQ=255) ggTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCt > 1:4413748/1‑47 (MQ=255) tATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCTtgtg < 1:175695/48‑1 (MQ=255) tATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTc < 1:4039023/65‑1 (MQ=255) tGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGgt < 1:5547667/53‑1 (MQ=255) tGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGc < 1:5280871/60‑1 (MQ=255) gACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCtg > 1:1997239/1‑42 (MQ=255) gACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTg < 1:1045122/70‑1 (MQ=255) gACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTg < 1:4515735/70‑1 (MQ=255) aCCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCAGTGGCGCGGTGTCTgg < 1:3608653/56‑1 (MQ=255) cGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTc < 1:4457964/51‑1 (MQ=255) ggTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGAtctc < 1:5356668/71‑1 (MQ=255) gTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATctct < 1:3691129/71‑1 (MQ=255) tAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCtctt < 1:4003777/71‑1 (MQ=255) tAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCtctt < 1:3370116/71‑1 (MQ=255) aaCCTGTTCGCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCtcttc > 1:3309006/1‑71 (MQ=255) aaCCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTg > 1:1059454/1‑63 (MQ=255) aaCCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCtcttc > 1:5359783/1‑71 (MQ=255) aCCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCtgt < 1:3098531/35‑1 (MQ=255) aCCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCtgt < 1:3837791/35‑1 (MQ=255) tcTGTTCCCGTTCCTGTTCATCACCATCGCCTGTGGTGCGgt < 1:652291/41‑1 (MQ=38) cTGTTCCCGTTCCTGTTTTTCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTc < 1:754599/51‑1 (MQ=255) cTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTc < 1:705027/51‑1 (MQ=255) cTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTc < 1:423090/51‑1 (MQ=255) cTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTc < 1:1546709/51‑1 (MQ=255) cTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTgg < 1:3770457/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTgg < 1:4010256/71‑1 (MQ=255) cTGTTCCCGTTCCTGTTCATCACCATCGCCTGTGGTGCGgt < 1:1652347/41‑1 (MQ=38) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |