| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 385,903 | A→G | 10.9% | E371E (GAA→GAG) | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 385,903 | 0 | A | G | 10.9% | 336.3 / 25.0 | 128 | E371E (GAA→GAG) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (50/64); new base G (9/5); total (59/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
GACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGA > Exported/385834‑385970 | gACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAAt < 1:433986/71‑1 (MQ=255) caccGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTGATGGAATCCtt < 1:1252535/68‑1 (MQ=255) caccGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGACGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTGATGGAATCCtt < 1:5587177/68‑1 (MQ=255) cGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTc > 1:3637276/1‑71 (MQ=255) cGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTc < 1:1682076/71‑1 (MQ=255) gCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCg < 1:898131/71‑1 (MQ=255) gCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCg > 1:5626112/1‑71 (MQ=255) ccGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGt < 1:4641613/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |