| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 832,152 | G→A | 14.6% | A204T (GCA→ACA) ‡ | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 832,152 | 0 | G | A | 14.6% | 267.0 / 28.1 | 109 | A204T (GCA→ACA) ‡ | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (53/40); new base A (6/10); total (59/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
CCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCT > Exported/832088‑832220 | cccGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACg > 1:3754798/1‑69 (MQ=255) ccGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCt > 1:1641594/1‑70 (MQ=255) ccGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAtctct > 1:3760901/1‑71 (MQ=255) tgtTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCg > 1:4606854/1‑70 (MQ=255) tgtTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCg > 1:5561017/1‑70 (MQ=255) ttGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCt > 1:2834931/1‑70 (MQ=255) ttGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTg < 1:4234690/71‑1 (MQ=255) gCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGc > 1:4435639/1‑67 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |