| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 833,163 | G→C | 21.0% | V541L (GTC→CTC) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 833,163 | 0 | G | C | 21.0% | 150.6 / 36.8 | 76 | V541L (GTC→CTC) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/30); new base C (13/3); total (43/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.47e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
AGATTATTCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATT > Exported/833095‑833231 | aGATTATTCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTAtcgtc > 1:4424897/1‑71 (MQ=255) attattCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTAtcgtcg > 1:3876212/1‑70 (MQ=255) attattCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCgg > 1:5486270/1‑71 (MQ=255) attCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGc > 1:2310739/1‑71 (MQ=255) ttCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGc < 1:4779345/70‑1 (MQ=255) ttCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCg > 1:4875783/1‑71 (MQ=255) ttCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCg > 1:448964/1‑71 (MQ=255) ccATCGCCCGTGAATTTGCCGATACCGCCCATAAAACGCATGGGCGCTCGATGATTATCCTCGGCGCagg > 1:3470908/2‑70 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |