| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 833,171 | G→A | 17.9% | A543A (GCG→GCA) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 833,171 | 0 | G | A | 17.9% | 169.4 / 27.6 | 78 | A543A (GCG→GCA) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/31); new base A (11/3); total (44/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.99e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
TTCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGG > Exported/833101‑833239 | ttCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCg > 1:448964/1‑71 (MQ=255)ttCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCg > 1:4875783/1‑71 (MQ=255) ccATCGCCCGTGAATTTGCCGATACCGCCCATAAAACGCATGGGCGCTCGATGATTATCCTCGGCGCagg > 1:3470908/2‑70 (MQ=255) tCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCt > 1:5553360/1‑70 (MQ=255) gCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGa < 1:4305386/70‑1 (MQ=255) cccGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAAc < 1:1926014/71‑1 (MQ=255) gTGAATTTGCCGATACCGCCCATAAAACGCATGGGCGCTCGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCAc < 1:3346124/71‑1 (MQ=255) gAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTg < 1:725909/63‑1 (MQ=255) gAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTg 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TTCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGG > Exported/833101‑833239 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |