| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,065,025 | C→T | 9.1% | R422R (CGC→CGT) | rpoD → | RNA polymerase, sigma 70 (sigma D) factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,065,025 | 0 | C | T | 9.1% | 329.2 / 16.6 | 110 | R422R (CGC→CGT) | rpoD | RNA polymerase, sigma 70 (sigma D) factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (65/35); new base T (8/2); total (73/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
TCCTTGACCTGATTCAGGAAGGCAACATCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATCACCCGCTCT > Exported/2064961‑2065085 | tCCTTGACCTGATTCAGGAAGGCAACATCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGt > 1:2204377/1‑71 (MQ=255) ccTTGACCTGATTCAGGAAGGCAACATCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGt > 1:425082/1‑70 (MQ=255) ttGACCTGATTCAGGAAGGCAACATCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTa > 1:5009297/1‑70 (MQ=255) tGACCTGATTCAGGAAGGCAAAATCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTAc > 1:1820771/1‑70 (MQ=255) aCCTGATTCAGGAAGGCAACATCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAg < 1:2093895/71‑1 (MQ=255) ccTGATTCAGGAAGGCAACATCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAg < 1:2491365/70‑1 (MQ=255) ccTGATCCAGGAAGGCAATATCGGCCTGATGAAGGCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATaaat < 1:1108804/71‑3 (MQ=12) cTGATTCAGGAAGGCAACATCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGtt < 1:618086/71‑1 (MQ=255) 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1:2774363/1‑50 (MQ=255) aTCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACaa > 1:742241/1‑50 (MQ=255) aTCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACaa > 1:2294084/1‑50 (MQ=255) aTCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACa > 1:4060350/1‑49 (MQ=255) aTCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTtctc > 1:1387133/1‑56 (MQ=255) aTCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTtctc > 1:3295095/1‑56 (MQ=255) aTCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTtctc > 1:3423525/1‑56 (MQ=255) aTCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGc > 1:2513981/1‑65 (MQ=255) aTCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGc > 1:813768/1‑65 (MQ=255) aTCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGc > 1:1390675/1‑65 (MQ=255) aTCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATAACGCCGTGGTTACAAGTtctc > 1:5133367/1‑56 (MQ=255) tCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCtgg < 1:3119972/71‑1 (MQ=255) 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1:4831013/1‑44 (MQ=255) atgaAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGt > 1:4011548/1‑43 (MQ=255) atgaAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATcc < 1:2333211/70‑1 (MQ=255) atgaAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATcc < 1:2991830/70‑1 (MQ=255) atgaAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCg > 1:523219/1‑71 (MQ=255) gaAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAg > 1:5114657/1‑40 (MQ=255) gaAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAg > 1:2001162/1‑40 (MQ=255) gaAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAg > 1:2045447/1‑40 (MQ=255) gaAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAg > 1:4738799/1‑40 (MQ=255) gaAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAg > 1:2190888/1‑40 (MQ=255) gaAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAg > 1:2834245/1‑40 (MQ=255) gaAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAg > 1:4428889/1‑40 (MQ=255) gaAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAg > 1:204568/1‑40 (MQ=255) gaAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAg > 1:4143497/1‑40 (MQ=255) aaaGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGt > 1:1267602/1‑69 (MQ=255) aaaGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGt > 1:3969095/1‑69 (MQ=255) aaGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTTGTTACAAGTTCTcc < 1:1189966/44‑1 (MQ=255) gCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGc < 1:875616/71‑1 (MQ=255) cGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCg < 1:1617499/71‑1 (MQ=255) ttGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCt < 1:4622198/42‑1 (MQ=255) ttGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCt < 1:877670/42‑1 (MQ=255) ttGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCt < 1:868206/42‑1 (MQ=255) ttGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGt < 1:2898550/62‑1 (MQ=255) aTAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCa > 1:1089195/1‑61 (MQ=255) aTAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCa > 1:4811615/1‑61 (MQ=255) aTAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCa > 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TCCTTGACCTGATTCAGGAAGGCAACATCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATCACCCGCTCT > Exported/2064961‑2065085 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |