| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,253,051 | A→G | 41.7% | T1329T (ACT→ACC) | rpoC ← | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,253,051 | 0 | A | G | 41.7% | 29.4 / 69.4 | 60 | T1329T (ACT→ACC) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/22); new base G (17/8); total (30/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.52e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 | |||||||||||
GTTCTCTTTCAGGCCGCGCAGTTCGTCGCGTTTGCCCGCAACGGCTGCTTCGGTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATGCCGCGGAGATGAAGGACTCGGTTGCCAGAGACGCTTTGGTGATAC > Exported/2252988‑2253115 | gTTCTCTTTCAGACCACGCAGGAAGTCGCGCTTGCCGGTGACCGCCGCCTCGGTGAGGACGCGGGTGGtct > 1:3843741/1‑71 (MQ=255)gTTCTCTTTCAGACCACGCAGGAAGTCGCGCTTGCCGGTGACCGCCGCCTCGGTGAGGACGCGGGTGGtct > 1:1357261/1‑71 (MQ=255)gTTCTCTTTCAGACCACGCAGGAAGTCGCGCTTGCCGGTGACCGCCGCCTCGGTGAGGACGCGGGTGGtct > 1:3086410/1‑71 (MQ=255)gTTCTCTTTCAGACCACGCAGGAAGTCGCGCTTGCCGGTGACCGCCGCCTCGGTGAGGACGCGGGTGGtct > 1:2904359/1‑71 (MQ=255) ctTTCAGGCCGCGCAGTTCGTCGCGTTTGCCCGCAACGGCTGCTTCGGTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTg > 1:118890/1‑70 (MQ=255) ctTTCAGGCCGCGCAGTTCGTCGCGTTTGCCCGCAACGGCTGCTTCGGTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTg > 1:4902793/1‑70 (MQ=255) gCCGCGCAGTTCGTCGCGTTTGCCCGCAACGGCTGCTTCGGTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATg < 1:4869075/71‑1 (MQ=255) gCCGCGCAGTTCGTCGCGTTTGCCCGCAACGGCTGCTTCGGTCAGCACGCGAGTGGTCTCCTGGAACGATg < 1:3488794/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |