| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,518,526 | T→C | 16.0% | E183E (GAA→GAG) | spoT ← | bifunctional (p)ppGpp synthetase II and guanosine‑3',5'‑bis pyrophosphate 3'‑pyrophosphohydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,518,526 | 0 | T | C | 16.0% | 191.4 / 26.8 | 81 | E183E (GAA→GAG) | spoT | bifunctional (p)ppGpp synthetase II and guanosine‑3',5'‑bis pyrophosphate 3'‑pyrophosphohydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/43); new base C (2/11); total (27/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.96e-01 | |||||||||||
CGCGCGGCTTTCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAATTTCGAGAG > Exported/2518458‑2518590 | cgcgcgGCTTTCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTc < 1:3239522/71‑1 (MQ=255) gcgcgGCTTTCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTc < 1:676921/70‑1 (MQ=255) cTTTCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCg < 1:4621371/71‑1 (MQ=255) cTTTCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCCTCGAGTTCg > 1:2165083/1‑71 (MQ=255) cTTTCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCCTCGAGTTCg > 1:2403398/1‑71 (MQ=255) caccacTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGttt > 1:4139813/1‑71 (MQ=255) caccacTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGttt > 1:3024704/1‑71 (MQ=255) accacTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGa > 1:410222/1‑61 (MQ=255) accacTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGa > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |