| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,539,542 | A→G | 5.0% | N23D (AAT→GAT) | rfaJ → | UDP‑D‑glucose:(galactosyl)lipopolysaccharide glucosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,539,542 | 0 | A | G | 5.0% | 540.4 / 12.7 | 178 | N23D (AAT→GAT) | rfaJ | UDP‑D‑glucose:(galactosyl)lipopolysaccharide glucosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (105/64); new base G (3/6); total (108/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
CATTGTGGACTCATTTCCTGCCATAGAGATAGATAAAGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCTAATTATCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCAT > Exported/2539472‑2539612 | cATTGTGGACTCATTTCCTGCCATAGAGATAGATAAAGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATaa < 1:271841/71‑1 (MQ=255) gtgGACTCATTTCCTGCCATAGAGATAGATAAAGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATaaa > 1:894027/1‑68 (MQ=255) gtgGACTCATTTCCTGCCATAGAGATAGATAAAGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATaaa > 1:479711/1‑68 (MQ=255) gtgGACTCATTTCCTGCCATAGAGATAGATAAAGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATAc > 1:1544091/1‑71 (MQ=255) tgGACTCATTTCCTGCCATAGAGATAGATAAAGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACt < 1:5053456/71‑1 (MQ=255) tgGACTCATTTCCTGCCATAGAGATAGATAAAGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACt < 1:1556911/71‑1 (MQ=255) gACTCATTTCCTGCCATAGAGATAGATAAAGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTc > 1:1041968/1‑71 (MQ=255) gACTCATTTCCTGCCATAGAGATAGATAAAGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTc > 1:5093193/1‑71 (MQ=255) gACTCATTTCCTGCCATAGAGATAGATAAAGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTc > 1:3562133/1‑71 (MQ=255) aTTTCCTGCCATAGAGATAGATAAAGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGaa > 1:3354258/1‑70 (MQ=255) aTTTCCTGCCATAGAGATAGATAAAGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAAt > 1:4716965/1‑71 (MQ=255) tttCCTGCCATAGAGATAGATAAAGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAAt < 1:951515/60‑1 (MQ=255) tttCCTGCCATAGAGATAGATAAAGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAAt < 1:719592/60‑1 (MQ=255) tCCTGCCATAGAGATAGATAAAGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGtt > 1:1159016/1‑71 (MQ=255) ccATAGAGATAGATAAAGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATaaa > 1:4554615/1‑52 (MQ=255) gagaTAGATAAAGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGc > 1:3186317/1‑71 (MQ=255) atagataAAGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTc > 1:1735659/1‑50 (MQ=255) atagataAAGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGttt < 1:2997468/59‑1 (MQ=255) atagataAAGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGttt < 1:3992081/59‑1 (MQ=255) agataAAGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAAt > 1:2030178/1‑43 (MQ=255) agataAAGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTaa > 1:102041/1‑59 (MQ=255) ataAAGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTAt < 1:5124941/68‑1 (MQ=255) aaaGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATg > 1:341004/1‑58 (MQ=255) aaaGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATg > 1:1820096/1‑58 (MQ=255) aaaGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATg > 1:1979686/1‑58 (MQ=255) aaaGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATg > 1:2394370/1‑58 (MQ=255) aaaGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATg > 1:3495212/1‑58 (MQ=255) aaaGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATg > 1:2082868/1‑58 (MQ=255) aaaGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATg > 1:698487/1‑58 (MQ=255) aaaGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGgtgt > 1:1176411/1‑71 (MQ=255) aaaGTTAAAGCATGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATg > 1:587970/1‑58 (MQ=255) aaGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTc > 1:3651595/1‑71 (MQ=255) cttAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCg < 1:1434364/69‑1 (MQ=255) ttAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTc < 1:2204843/68‑1 (MQ=255) ttAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTc < 1:3973043/68‑1 (MQ=255) aaGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTa > 1:460064/1‑58 (MQ=255) aaGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTa > 1:4080080/1‑58 (MQ=255) aaGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTa > 1:4127425/1‑58 (MQ=255) aaGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCt < 1:1587479/71‑1 (MQ=255) aaGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCt < 1:3480520/71‑1 (MQ=255) aaGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCt < 1:138713/71‑1 (MQ=255) aGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATgg > 1:2614107/1‑60 (MQ=255) aGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATgg > 1:1084885/1‑60 (MQ=255) aGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATgg > 1:1618106/1‑60 (MQ=255) aGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCt > 1:3024428/1‑70 (MQ=255) cTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCTAAtt < 1:4226841/71‑1 (MQ=255) tGGGAGTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGc > 1:1297588/1‑65 (MQ=255) gggATTTTCGGCTAGCTAATATAGATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCt < 1:1809886/65‑1 (MQ=255) gggATTTTCGGCTAGCTAATATAGATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCt < 1:1909863/65‑1 (MQ=255) gggATTTTCGGCTAGCTAATATAGATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCt < 1:2267171/65‑1 (MQ=255) gggATTTTCGGCTAGCTAATATAGATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCt < 1:3199887/65‑1 (MQ=255) aTTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCTAATTATCtt > 1:2141948/1‑71 (MQ=255) ttttCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATg > 1:4696368/1‑41 (MQ=255) ttttCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGt > 1:4836896/1‑42 (MQ=255) tttCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTaaa > 1:2968016/1‑38 (MQ=255) tttCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTaaa > 1:433811/1‑38 (MQ=255) tttCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTaaa > 1:2545416/1‑38 (MQ=255) tttCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTaaa > 1:618028/1‑38 (MQ=255) tttCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTaaa > 1:4625293/1‑38 (MQ=255) ttCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCg > 1:1568003/1‑54 (MQ=255) ttCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGc > 1:839120/1‑58 (MQ=255) ttCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCTAATTATCTTGAt > 1:2046809/1‑71 (MQ=255) tCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTg > 1:2445290/1‑41 (MQ=255) tCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCTAATTATCTTGATg > 1:3254331/1‑71 (MQ=255) cGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCt < 1:4159294/43‑1 (MQ=255) cGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCt < 1:1206250/43‑1 (MQ=255) cGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCt < 1:4815415/43‑1 (MQ=255) cGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCt < 1:4911677/43‑1 (MQ=255) cGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCt < 1:1684257/43‑1 (MQ=255) gctagctaATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTa < 1:3319440/42‑1 (MQ=255) gctagctaATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTa < 1:2860599/42‑1 (MQ=255) gctagctaATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTa < 1:2825533/42‑1 (MQ=255) gctagctaATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTa < 1:2751519/42‑1 (MQ=255) gctagctaATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTa < 1:2223867/42‑1 (MQ=255) gctagctaATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTa < 1:1097984/42‑1 (MQ=255) ctagctaATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCTAATTATCTTGATGgtg > 1:4943923/1‑70 (MQ=255) tagctaATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATg > 1:1166131/1‑42 (MQ=255) tagctaATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCTAATTATCTTGATGgtg > 1:4385634/1‑69 (MQ=255) tagctaATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGATAATTATCt > 1:1700398/1‑61 (MQ=255) gctaATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCTAAtt > 1:550361/1‑55 (MQ=255) gctaATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCTAAtt > 1:3349544/1‑55 (MQ=255) gctaATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCTAAtt > 1:3442592/1‑55 (MQ=255) gctaATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCTAAtt > 1:2158457/1‑55 (MQ=255) gctaATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCTAATTATCTTGATTGTGTa > 1:3827535/1‑69 (MQ=255) gctaATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCTAATTATCTTGATGGTGTAgg > 1:1258882/1‑71 (MQ=255) ctaATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCTAATTATCTTGATGgtgt < 1:2538156/67‑1 (MQ=255) aaTATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGgt < 1:770033/39‑1 (MQ=255) atatAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGAt < 1:5074635/44‑1 (MQ=255) atatAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCTAATTATCTTGATGGTGTAGGTGtt > 1:441279/1‑71 (MQ=255) tataAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCTAATTATCTTGATGGTGTAGgt < 1:1582754/67‑1 (MQ=255) tataAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCTAATTATCTTGATGGTGTAGgt < 1:4975940/67‑1 (MQ=255) tataAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCTAATTATCTTGATGGTGTAGgt < 1:2702266/67‑1 (MQ=255) taAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCg < 1:1448825/39‑1 (MQ=255) taAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCg < 1:1626451/39‑1 (MQ=255) taAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCg < 1:2338985/39‑1 (MQ=255) taAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCg < 1:3781795/39‑1 (MQ=255) aaTACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCTAATTATCTTGATGGTGTAGGTGTTTCcat < 1:2091411/71‑1 (MQ=255) aaTACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCTAATTATCTTGATGGTGTAGGTGTTTCcat > 1:3281232/1‑71 (MQ=255) aaTACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCTAATTATCTTGATGGTGTAGGTGTTTCcat < 1:1514310/71‑1 (MQ=255) aaTACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCTAATTATCTTGATGGTGTAGGTGTTTCcat < 1:3685833/71‑1 (MQ=255) | CATTGTGGACTCATTTCCTGCCATAGAGATAGATAAAGTTAAAGCCTGGGATTTTCGGCTAGCTAATATAAATACTTCTGAATGTTTAAATGTTGCCTATGGTGTCGATGCTAATTATCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCAT > Exported/2539472‑2539612 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |