| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,749,175 | T→C | 7.6% | F416F (TTT→TTC) | secY → | preprotein translocase membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,749,175 | 0 | T | C | 7.6% | 469.9 / 20.6 | 158 | F416F (TTT→TTC) | secY | preprotein translocase membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (72/73); new base C (4/8); total (77/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
GCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTGAAGAAGGCGAACCTGA > Exported/2749107‑2749242 | gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:2485480/1‑70 (MQ=255)gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:5157511/1‑70 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGc > 1:1920914/1‑70 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCt > 1:608828/1‑71 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCt > 1:2069657/1‑71 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCt > 1:4630681/1‑71 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCt > 1:3650084/1‑71 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCt > 1:1740008/1‑71 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTAATGGc > 1:4399015/1‑70 (MQ=255) gAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCt > 1:3858092/1‑70 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTTATTATGGACTTTATGGCTc < 1:565287/70‑1 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATTGACTTTATGGCTc < 1:853024/70‑1 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTc < 1:613113/70‑1 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTc < 1:4756991/70‑1 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTc < 1:2028481/70‑1 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa < 1:5173154/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCaa < 1:2319513/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCaa < 1:491119/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCaa < 1:1023758/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa < 1:330823/70‑1 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATgg > 1:3108003/1‑62 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATgg > 1:2359240/1‑62 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATgg > 1:3445066/1‑62 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATgg > 1:2036085/1‑62 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATg > 1:2863725/1‑61 (MQ=255) ccGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCa < 1:2954252/71‑1 (MQ=255) gTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCaaa < 1:2649739/71‑1 (MQ=255) gTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCaaa < 1:4442742/71‑1 (MQ=255) cttCTACTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTGCag > 1:2278205/2‑69 (MQ=255) cttCTACTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTGCag > 1:3950087/2‑69 (MQ=255) cttCTACTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTGCag > 1:5156547/2‑69 (MQ=255) cttCTACTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTGCa > 1:4182873/2‑69 (MQ=255) ttCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAAc > 1:1599686/1‑71 (MQ=255) ttCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAAc < 1:904888/71‑1 (MQ=255) cTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAActc > 1:5167/1‑71 (MQ=255) aCTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAActct > 1:3354370/1‑70 (MQ=255) aCTTCGGTGGCACGTCGCTCCTTATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTg < 1:4761051/62‑1 (MQ=255) aCTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTg < 1:1605746/62‑1 (MQ=255) aCTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTg < 1:1390712/62‑1 (MQ=255) aCTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTg < 1:1696585/62‑1 (MQ=255) aCTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTg < 1:975475/62‑1 (MQ=255) aCTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAACTg < 1:2228080/62‑1 (MQ=255) gggACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTc > 1:1814316/1‑71 (MQ=255) gggACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTc > 1:2124711/1‑71 (MQ=255) ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagt < 1:853096/71‑1 (MQ=255) ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagt < 1:3760982/71‑1 (MQ=255) ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagt < 1:2738942/71‑1 (MQ=255) ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagt < 1:4866089/71‑1 (MQ=255) ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagt < 1:3253437/71‑1 (MQ=255) tCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa < 1:4944760/44‑1 (MQ=255) tCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa < 1:115012/44‑1 (MQ=255) tCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa < 1:4349559/44‑1 (MQ=255) tCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa < 1:2952470/44‑1 (MQ=255) tCACTGC‑TATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa < 1:3903340/43‑1 (MQ=39) cACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagtcag > 1:2632616/1‑71 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:2566546/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:4957291/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:4089249/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:2374483/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:1017749/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGATGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:1285776/1‑35 (MQ=255) gCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCtga > 1:3227004/1‑53 (MQ=255) gCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCtga > 1:4063039/1‑53 (MQ=255) gCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTAt > 1:565481/1‑70 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCTGTATGa < 1:665052/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:1496856/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:147051/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:2711893/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:5186758/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:2784193/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:3030853/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:3913906/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:3887420/71‑1 (MQ=255) tATCGTTGTTGTCTTGATTATGGACTTTATGGCTCat < 1:3166591/37‑2 (MQ=39) tATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGt > 1:3575880/1‑71 (MQ=255) tCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCt > 1:3704028/1‑71 (MQ=255) tCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCt > 1:3197322/1‑71 (MQ=255) gttgttGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTg < 1:1154401/70‑1 (MQ=255) gttgttGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTg < 1:3336347/70‑1 (MQ=255) cttgttgTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTg < 1:3077480/69‑1 (MQ=255) gttgtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCAt < 1:359647/70‑1 (MQ=255) ttgtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTg < 1:4781405/71‑1 (MQ=255) ttgtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTg < 1:4122230/71‑1 (MQ=255) ttgtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTg < 1:4661484/71‑1 (MQ=255) gtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTga > 1:1689285/1‑70 (MQ=255) gtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTg > 1:3528480/1‑69 (MQ=255) gtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTg > 1:2476706/1‑69 (MQ=255) gtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTg > 1:4142024/1‑69 (MQ=255) gtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTg > 1:3824860/1‑69 (MQ=255) cGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTgaag < 1:3412243/70‑1 (MQ=255) cGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTgaag < 1:3293914/70‑1 (MQ=255) cGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTgaag < 1:3724756/70‑1 (MQ=255) gTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTgaagaa < 1:2669898/71‑1 (MQ=255) gTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTgaagaa < 1:4312614/71‑1 (MQ=255) gTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTgaag > 1:887597/1‑69 (MQ=255) gTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTgaag > 1:5031227/1‑69 (MQ=255) aTTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTGAAGAAGGc > 1:1633505/1‑71 (MQ=255) aTGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTGAAGAAGGCGa < 1:1448598/70‑1 (MQ=255) aTGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTGAAGAAGGCGa < 1:347048/70‑1 (MQ=255) tttATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTGAAGAAGGCGAACCTGa > 1:4561228/1‑70 (MQ=255) | GCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTGAAGAAGGCGAACCTGA > Exported/2749107‑2749242 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |