| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,818,696 | C→T | 6.5% | V112V (GTC→GTT) | nrfB → | nitrite reductase, formate‑dependent, penta‑heme cytochrome c |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,818,696 | 0 | C | T | 6.5% | 434.3 / 13.0 | 138 | V112V (GTC→GTT) | nrfB | nitrite reductase, formate‑dependent, penta‑heme cytochrome c |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (70/59); new base T (6/3); total (76/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.04e-01 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
CGCGAAGGGGTGAAAGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCGTTCTGGCCGCACGATGTCCACGTAAC > Exported/2818628‑2818761 | cgcgAAGGGGTGAAAGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTg < 1:4321154/71‑1 (MQ=255) gcgAAGGGGTGAAAGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGt < 1:4086145/71‑1 (MQ=255) cgAAGGGGTGAAAGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGt < 1:3712964/70‑1 (MQ=255) aaGGGGTGAAAGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATg > 1:2251591/1‑71 (MQ=255) aGGGGTGAAAGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGt < 1:2372980/71‑1 (MQ=255) aGGGGTGAAAGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGt < 1:1884237/71‑1 (MQ=255) aGGGGTGAAAGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGt < 1:3004608/71‑1 (MQ=255) tggTGAAAGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTg < 1:4094550/63‑1 (MQ=255) gggTGAAAGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTg < 1:2210852/64‑1 (MQ=255) gggTGAAAGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTg < 1:2044575/64‑1 (MQ=255) gggTGAAAGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTg < 1:3271010/64‑1 (MQ=255) gggTGAAAGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGt < 1:1100361/69‑1 (MQ=255) gggTGAAAGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGt < 1:5126555/69‑1 (MQ=255) gggTGAAAGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGt < 1:842261/69‑1 (MQ=255) gggTGAAAGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGGTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGt < 1:3336479/69‑1 (MQ=255) gTGAAAGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTcc > 1:2990420/1‑69 (MQ=255) gTGAAAGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTcc > 1:3823944/1‑69 (MQ=255) gTGAAAGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTcc > 1:2333779/1‑69 (MQ=255) gTGAAAGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTcc > 1:700976/1‑69 (MQ=255) aaaGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTc < 1:2315129/70‑1 (MQ=255) aaaGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTc < 1:3802393/70‑1 (MQ=255) aaaGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTc < 1:1268433/70‑1 (MQ=255) aaaGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCa > 1:4186379/1‑71 (MQ=255) aaaGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCa > 1:2341349/1‑71 (MQ=255) aaaGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCa > 1:2045582/1‑71 (MQ=255) aaaGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCa < 1:117367/71‑1 (MQ=255) aaGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTTTGt < 1:1430182/59‑1 (MQ=255) ataTGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTc < 1:2649570/61‑1 (MQ=255) aGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTTTGTAt > 1:2139186/1‑60 (MQ=255) aGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTTTGTAt > 1:545944/1‑60 (MQ=255) aGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTTTGTAt > 1:2512033/1‑60 (MQ=255) aGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGt > 1:813769/1‑62 (MQ=255) aGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTc > 1:217164/1‑63 (MQ=255) aGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTc > 1:210975/1‑63 (MQ=255) aGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTc > 1:4064622/1‑63 (MQ=255) aGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTc > 1:4893379/1‑63 (MQ=255) aGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTc > 1:5043452/1‑63 (MQ=255) aGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTc > 1:1369198/1‑63 (MQ=255) aGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTc > 1:1118248/1‑63 (MQ=255) aGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTc > 1:2983947/1‑63 (MQ=255) aTGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTg < 1:3015411/71‑1 (MQ=255) gtgATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGcc > 1:2921117/1‑71 (MQ=255) gtgATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGcc > 1:1122955/1‑71 (MQ=255) gtgATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGcc > 1:4207509/1‑71 (MQ=255) aTGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTcc > 1:3377009/1‑57 (MQ=255) aTGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTcc > 1:903921/1‑57 (MQ=255) aTGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCgg > 1:4834559/1‑70 (MQ=255) gcgcTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTa > 1:4983508/1‑50 (MQ=255) gcgcTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTa > 1:3938335/1‑50 (MQ=255) gcgcTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTa > 1:3243755/1‑50 (MQ=255) gcgcTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTT‑GAGAGCAGAACAGCGTCTGTa > 1:1168268/1‑49 (MQ=255) cgcTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGaa > 1:4343468/1‑69 (MQ=255) cgcTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGaa > 1:5106011/1‑69 (MQ=255) cgcTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGaa > 1:140043/1‑69 (MQ=255) cgcTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAAc > 1:2805913/1‑70 (MQ=255) tttAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGt < 1:2578356/45‑1 (MQ=255) tttAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGt < 1:645645/45‑1 (MQ=255) tttAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGt < 1:3477699/45‑1 (MQ=255) tttAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGt < 1:1281254/45‑1 (MQ=255) aaCGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGaa > 1:3187213/1‑63 (MQ=255) aCGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCa < 1:3029071/70‑1 (MQ=255) aCGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCa < 1:4191905/70‑1 (MQ=255) aGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCaaaaa < 1:905129/71‑1 (MQ=255) aGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCaaaaa < 1:4572167/71‑1 (MQ=255) aGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCaaaaa < 1:3096833/71‑1 (MQ=255) tACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAg > 1:744842/1‑54 (MQ=255) tACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAg > 1:1411305/1‑54 (MQ=255) tACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAg > 1:1619487/1‑54 (MQ=255) tACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCGTTCTg < 1:2943980/71‑1 (MQ=255) tACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTCCCGGAACa > 1:1933703/1‑53 (MQ=255) cAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCGTTCTGGc > 1:3615990/1‑71 (MQ=255) cAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCGTTCTGGc > 1:2492769/1‑71 (MQ=255) cAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCGTTCTGGc > 1:2901471/1‑71 (MQ=255) ggTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCGTTCTGGCCg > 1:1626486/1‑70 (MQ=255) gTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCaaa < 1:1770511/55‑1 (MQ=255) ggAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCGTTCTGGCCGCACGa > 1:879201/1‑71 (MQ=255) gagaGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCGTTCTGGCCGCACGAt > 1:1383481/1‑71 (MQ=255) gagaGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCGTTCTGGCCGCACGAt > 1:61447/1‑71 (MQ=255) gagaGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCGTTCTGGCCGCACGAt < 1:242500/71‑1 (MQ=255) gagCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCaaaaa > 1:4801803/1‑51 (MQ=255) gagCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCAGGAACAGTTGCaaaaa > 1:1604724/1‑51 (MQ=255) gCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCGTTCTGGCCGCACGATGtgc < 1:3990692/71‑3 (MQ=255) gCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCGTTCTGGCCGCACGATGTcc < 1:1751450/71‑1 (MQ=255) gCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCGTTCTGGCCGCACGATGTcc < 1:572163/71‑1 (MQ=255) gCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCGTTCTGGCCGCACGATGTcc < 1:2616728/71‑1 (MQ=255) gCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCGTTCTGGCCGCACGATGTcc < 1:1904271/71‑1 (MQ=255) gCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCGTTCTGGCCGCACGATGTcc < 1:3440717/71‑1 (MQ=255) gCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCGTTCTGGCCGCACGATGTcc < 1:306719/71‑1 (MQ=255) gCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCGTTCTGGCCGCACGATGTcc < 1:278218/71‑1 (MQ=255) aaCAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCGTTCTGGCCGCACGATGTCCACGt < 1:476325/71‑1 (MQ=255) aaCAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCGTTCTGGCCGCACGATGTCCACGt < 1:666318/71‑1 (MQ=255) gCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAg > 1:5082181/1‑42 (MQ=255) gCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCg > 1:4718705/1‑44 (MQ=255) gCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCg > 1:1856039/1‑44 (MQ=255) gCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCg > 1:1182688/1‑44 (MQ=255) gCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCg > 1:2184679/1‑44 (MQ=255) gCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCGTTCTGGCCGCACGATGTCCACGTAAc > 1:3608849/1‑70 (MQ=255) gCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCGTTCTGGCCGCACGATGTCCACGTAAc > 1:3418600/1‑70 (MQ=255) gCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCGTTCTGGCCGCACGATGTCCACGTAAc > 1:2162844/1‑70 (MQ=255) gCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCGTTCTGGCCGCACGATGTCCACGTAAc > 1:254256/1‑70 (MQ=255) | CGCGAAGGGGTGAAAGATGTGATGCGCTTTAACGAGCCGATGTACAAGGTTGGAGAGCAGAACAGCGTCTGTATGTCCTGTCATCTGCCGGAACAGTTGCAAAAAGCGTTCTGGCCGCACGATGTCCACGTAAC > Exported/2818628‑2818761 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |