| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,223,810 | T→C | 11.1% | S795S (AGT→AGC) | yebT → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,223,810 | 0 | T | C | 11.1% | 271.5 / 19.4 | 99 | S795S (AGT→AGC) | yebT | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/40); new base C (2/9); total (50/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.77e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
CGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCGTGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAACGCTATCAACACCTGGTGCGTAACAATTCCGTCTTCTGGTTGGCATCGGGTTACAGTCTGGACTT > Exported/1223744‑1223878 | cGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCGTGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAAc > 1:2187273/1‑71 (MQ=255)cGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCGTGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAAc > 1:2611857/1‑71 (MQ=255) ggTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTAAGATCGCGTGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAAc < 1:1846945/70‑1 (MQ=255) aCGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCGTGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAACGCTa > 1:4055412/1‑71 (MQ=255) ggTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCGTGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAACGCTATc < 1:3842436/71‑1 (MQ=255) gTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCGTGATGATTGCGATGCGCATCAGTaaa > 1:3137398/1‑63 (MQ=255) gTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCGTGATGATTGCGATGCGCATCAGTaaa > 1:2658219/1‑63 (MQ=255) gTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCGTGATGATTGCGATGCGCATCAGTaaa > 1:3970578/1‑63 (MQ=255) gTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCGTGATGATTGCGATGCGCATCAGTaaa > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |