| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,336,081 | G→A | 10.4% | G280G (GGC→GGT) | gmd ← | GDP‑D‑mannose dehydratase, NAD(P)‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,336,081 | 0 | G | A | 10.4% | 441.9 / 29.6 | 154 | G280G (GGC→GGT) | gmd | GDP‑D‑mannose dehydratase, NAD(P)‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (74/64); new base A (5/11); total (79/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
ACCCGGTTTAACGCCCGGCGCGTCATGCCCGGTGACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCAGCTGTGCTGCCGCCATTTCCACGAACTGACGCACGGAG > Exported/1336018‑1336150 | acCCGGTTTAACGCCCGGCGCGTCATGCCCGGTGACGGAAACCACTATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGc > 1:1911140/1‑71 (MQ=255)acCCGGTTTAACGCCCGGCGCGTCATGCCCGGTGACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGc > 1:2380177/1‑71 (MQ=255) ggTTTAACGCCCGGCGCGTCATGCCCGGTGACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCtt > 1:1209491/1‑70 (MQ=255) ggTTTAACGCCCGGCGCGTCATGCCCGGTGACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCtt > 1:3675535/1‑70 (MQ=255) ttAACGCCCGGCGCGTCATGCCCGGTGACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCa > 1:2791006/1‑69 (MQ=255) aCGCCCGGCGCGTCATGCCCGGTGACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAgcg > 1:4528108/1‑71 (MQ=255) cGGCGCGTGATGCCCGGTGACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGtt > 1:392074/1‑71 (MQ=255) gcgcGTCATGCCCGGTGACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGttt < 1:1238672/70‑1 (MQ=255) 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ACCCGGTTTAACGCCCGGCGCGTCATGCCCGGTGACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCAGCTGTGCTGCCGCCATTTCCACGAACTGACGCACGGAG > Exported/1336018‑1336150 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |