| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,502,847 | A→T | 11.3% | intergenic (‑220/‑700) | lrhA ← / → yfbQ | DNA‑binding transcriptional repressor/predicted aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,502,847 | 0 | A | T | 11.3% | 345.0 / 30.1 | 124 | intergenic (‑220/‑700) | lrhA/yfbQ | DNA‑binding transcriptional repressor/predicted aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (66/44); new base T (11/3); total (77/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
ACATTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGATACTCACTCTTTTCTATTTATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTC > Exported/1502779‑1502916 | acaTTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGATa > 1:2861202/1‑71 (MQ=255) aTTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGATact > 1:4948488/1‑71 (MQ=255) aTTGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGATac > 1:3370557/1‑70 (MQ=255) tGTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGTGATCGCATATCTATTAAGATactca > 1:1100574/1‑71 (MQ=255) gTTCCGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGATactcac > 1:3717391/1‑71 (MQ=255) gTTCCGTTA‑AATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGATactcac > 1:4547263/1‑70 (MQ=255) cGTTATAATGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGATACTCACTCtt < 1:473930/71‑1 (MQ=255) aTGCCTGAAGTAGATCACAGAATATATCTTCAGGGATCGCATATCTATTAAGATACTCACTCTTTTCTAtt < 1:610655/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |