| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | 4481819 = | 44 (0.880) | 3 (0.070) | 3/92 | NT | 8.3% | coding (1703/1815 nt) | yjgL | hypothetical protein |
| ? | AP009048 | 4481841 = | 27 (0.600) | coding (1725/1815 nt) | yjgL | hypothetical protein | |||||
TCAAAGAAAAACTGAATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAATTTACGTATAGC > AP009048/4481750‑4481888 | tCAAAGAAAAACTGAATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGt > 1:4329876/1‑70 (MQ=255) ccacccaaagtgttctattgctatacgtaaattttccggtggatttagtttatttaaacgctgttcaTTaa < 1:104236‑M1/4‑1 (MQ=255) aaaGAAAAACTGAATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTa < 1:333492/70‑1 (MQ=255) aaaGAAAAACTGAATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTa < 1:2810730/70‑1 (MQ=255) aaaGAAAAACTGAATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTa < 1:2409881/70‑1 (MQ=255) cacccaaagtgttctattgctatacgtaaattttccggtggatttagtttatttaaacgctgttcaTTaa < 1:558098‑M1/4‑1 (MQ=255) aaGAAAAACTGAATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAAt > 1:2074229/1‑71 (MQ=255) aGAAAAACTGAATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATg < 1:3348869/71‑1 (MQ=255) aGAAAAACTGAATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATg > 1:2731006/1‑71 (MQ=255) aaaaaCTGAATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTa > 1:351563/1‑71 (MQ=255) aaaaaCTGAATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTa > 1:1441804/1‑71 (MQ=255) aaaaCTGAATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTAt < 1:176818/71‑1 (MQ=255) aaCTGAATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTa > 1:3644042/1‑68 (MQ=255) aataatGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCata > 1:3341034/1‑71 (MQ=255) aataatGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCata > 1:2543892/1‑71 (MQ=255) aataatGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCata > 1:2862984/1‑71 (MQ=255) ataatGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCata < 1:2706765/70‑1 (MQ=255) ctattgctatacgtaaattttccggtggatttagtttatttaaacgctgttcaTTaa < 1:3436398‑M1/4‑1 (MQ=255) aaTACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCatata > 1:942411/1‑66 (MQ=255) aTACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAAt > 1:759910/1‑70 (MQ=255) aCAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATg < 1:2915282/51‑1 (MQ=255) cAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGaa > 1:3051258/1‑70 (MQ=255) cAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGa > 1:3056838/1‑69 (MQ=255) cAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAAc < 1:3374658/71‑1 (MQ=255) cAAACTTAGATTTAGAATGATGAAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGaa > 1:3608564/1‑70 (MQ=255) aaaCTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTa > 1:4565374/1‑51 (MQ=255) cgtaaattttccggtggatttagtttatttaaacgctgttcaTTAATGTATTACCATATATTAATg < 1:1588810‑M1/24‑1 (MQ=255) cTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCg < 1:4078775/71‑1 (MQ=255) ttAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGtt < 1:795963/41‑1 (MQ=255) aTTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGtt < 1:1757300/37‑1 (MQ=255) aTTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATg > 1:748771/1‑41 (MQ=255) tttAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTtaa < 1:2999809/70‑1 (MQ=255) ttAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTtaaa > 1:174270/1‑70 (MQ=255) tAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTtaaat < 1:2140858/70‑1 (MQ=255) tAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTtaaat < 1:3100120/70‑1 (MQ=255) aGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTaa > 1:2060143/1‑35 (MQ=255) aGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATg > 1:3172286/1‑55 (MQ=255) aGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTtaaata < 1:1255785/70‑1 (MQ=255) atgatgCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAAc > 1:539132/1‑70 (MQ=255) atgCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCa < 1:1386491/39‑1 (MQ=255) atgCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTaa < 1:9817/70‑1 (MQ=255) atgCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTaa < 1:1749874/70‑1 (MQ=255) tagtttatttaaacgctgttcaTTAATGTATTACCATATATTAATGa < 1:1785181‑M1/25‑1 (MQ=255) cAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATc > 1:2720385/1‑70 (MQ=255) aaaCTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTtaaat > 1:2437723/1‑59 (MQ=255) aaaCTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTtaa < 1:963551/57‑1 (MQ=255) aaaCTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTtaa < 1:457489/57‑1 (MQ=255) gtttatttaaacgctgttcaTTAATGTATTACCATATAtt > 1:17533‑M1/21‑40 (MQ=255) aaCTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATg < 1:514964/44‑1 (MQ=255) tCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGa < 1:4070507/70‑1 (MQ=255) ttGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAAt < 1:2942458/36‑1 (MQ=255) tGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAAt > 1:2962833/1‑71 (MQ=255) gCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAAt < 1:4331826/70‑1 (MQ=255) cAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAAttt < 1:2096658/71‑1 (MQ=255) cAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAAttt < 1:3336527/71‑1 (MQ=255) tCGAGAGTTAATGTATTACCTTATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAATTTACg < 1:1979574/71‑1 (MQ=255) tCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAATTTACg > 1:4368506/1‑71 (MQ=255) tCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAATTTACg > 1:942922/1‑71 (MQ=255) gagaGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAATTTACGta > 1:3499605/1‑71 (MQ=255) agTTAATGTATTAACATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAAc > 1:1678190/1‑44 (MQ=255) gTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAATTTACGTATAGc < 1:2809157/71‑1 (MQ=255) | TCAAAGAAAAACTGAATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAATTTACGTATAGC > AP009048/4481750‑4481888 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |