| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 4507732 | 61 (1.220) | 3 (0.060) | 3/98 | NT | 5.2% | coding (380/1329 nt) | insG | IS4 predicted transposase |
| ? | AP009048 | = 4507756 | 51 (1.060) | coding (356/1329 nt) | insG | IS4 predicted transposase | |||||
GGGAAGGCTGCATCGTTCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTGCGCTGTTTTCGTGAACACGCGGCGGAC > AP009048/4507663‑4507802 | gggAAGGCTGCATCGTTCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAg < 1:621518/71‑1 (MQ=255)gggAAGGCTGCATCGTTCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAACAGGGTCA < 1:2418251‑M1/70‑1 (MQ=255) aGGCTGCATCGTTCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCg < 1:1489372/71‑1 (MQ=255) ggCTGCATCGTTCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCg > 1:1241838/1‑70 (MQ=255) cTGCATCGTTCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCAc < 1:3603194/71‑1 (MQ=255) cTGCATCGTTCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCAc < 1:514680/71‑1 (MQ=255) cTGCATCGTTCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCAc > 1:2126476/1‑71 (MQ=255) tGCATCGTTCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCAc < 1:525006/70‑1 (MQ=255) cATCGTTCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAg > 1:4285454/1‑71 (MQ=255) aTCGTTCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGt < 1:923474/71‑1 (MQ=255) aTCGTTCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGt < 1:4377926/71‑1 (MQ=255) aTCGTTCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGt < 1:2211191/71‑1 (MQ=255) cGTTCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCa > 1:2923501/1‑67 (MQ=255) cGTTCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGc > 1:2375001/1‑71 (MQ=255) cGTTCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGc > 1:3546027/1‑71 (MQ=255) cGTTCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGc > 1:3591817/1‑71 (MQ=255) gTTCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGc < 1:3956220/70‑1 (MQ=255) gTTCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGc < 1:1099204/70‑1 (MQ=255) ttCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAg > 1:3617636/1‑56 (MQ=255) ttCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGc < 1:3118045/69‑1 (MQ=255) ttCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCA < 1:469418‑M1/55‑1 (MQ=255) tGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGAt > 1:4266903/1‑68 (MQ=255) gtgtATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAcgccgcatccgcactggtgcggc < 1:3846118‑M1/71‑24 (MQ=255) gtgtATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATgcgg < 1:3289935/70‑1 (MQ=255) gtgtATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATgc < 1:3464303/68‑1 (MQ=255) gtgtATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATgc < 1:1523981/68‑1 (MQ=255) gtATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATAGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATgc > 1:2727580/1‑66 (MQ=255) gTATCCGGTGTGCGCCAGAGCACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGt < 1:4031507‑M2/71‑2 (MQ=255) tATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGt > 1:1968183‑M2/1‑69 (MQ=255) tCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCggcgtgg < 1:634295/70‑1 (MQ=255) cGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCggcgtggcgt > 1:3525189/1‑71 (MQ=255) ggTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGtt < 1:585248/71‑1 (MQ=255) gtgtGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGtt < 1:4040639/70‑1 (MQ=255) gtgtGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTa < 1:4425399/71‑1 (MQ=255) tgtgCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTAt < 1:952904/71‑1 (MQ=255) gtgCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGGCAGGCCGCACCAGTGCGGa < 1:3405082/54‑1 (MQ=255) tgCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCA < 1:3547773‑M1/36‑1 (MQ=255) cgcCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCa < 1:994331/71‑1 (MQ=255) gcCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGATATGc > 1:4296016/1‑68 (MQ=255) gcCAGAACAAACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGc < 1:1160538/39‑1 (MQ=255) ccAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCAc < 1:657129/40‑1 (MQ=255) ccAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCggcgtggcgt < 1:4320233/62‑1 (MQ=255) ccAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGtt < 1:2656105/63‑1 (MQ=255) cAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCagag > 1:2941746/1‑71 (MQ=255) cAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCagag > 1:4541802/1‑71 (MQ=255) aGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATgcg > 1:2792968/1‑51 (MQ=255) aGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGc < 1:164887/71‑1 (MQ=255) aGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGGCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTAt < 1:1926526/63‑1 (MQ=255) aGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGGCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGc < 1:2558772/71‑1 (MQ=255) gAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCt > 1:3436512/1‑71 (MQ=255) acacCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTgcgc > 1:883278/1‑71 (MQ=255) acCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGt > 1:3795670/1‑35 (MQ=255) acCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATgcggcg > 1:2818360/1‑47 (MQ=255) acCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTGCGCt > 1:3534168/1‑70 (MQ=255) cATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTGCGCt < 1:1320598/68‑1 (MQ=255) cATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTGCGCTGtt > 1:2036982/1‑71 (MQ=255) aTCGATGGCCAGCAGGGTCAcgccgcatccgcactgg < 1:4235221‑M1/37‑18 (MQ=255) aTCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTGCGCTGtt > 1:3118151/1‑70 (MQ=255) tCGATGGCCAGCAGGGTCAggccgcatccgcactggtg > 1:1689515‑M1/1‑19 (MQ=255) tCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTGCGCTGtttt > 1:2770082/1‑71 (MQ=255) tCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTGCGCTGtttt > 1:1634877/1‑71 (MQ=255) cGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCCGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTGCGCTGTTTTc > 1:573512/1‑71 (MQ=255) cGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTAt < 1:1006416/51‑1 (MQ=255) gATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTGCGCTGTTTTc < 1:3145242/70‑1 (MQ=255) gATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTGCGCTGTTTTc < 1:1389589/70‑1 (MQ=255) aTGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTGCGCTGTTTTCGt < 1:4375054/71‑1 (MQ=255) aTGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTGCGCTGTTTTCGt < 1:749132/71‑1 (MQ=255) ggCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGTATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTGCGCTGtttt < 1:700498/66‑1 (MQ=255) agcagGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTGCGCTGTTTTCGTGAacac < 1:1561623/71‑1 (MQ=255) agcagGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTGCGCTGTTTTCGTGAacac > 1:4488987/1‑71 (MQ=255) gcagGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCggcgtggc > 1:1882286/1‑37 (MQ=255) gcagGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTGCGCTGTTTTCGTGAacac > 1:1634238/1‑70 (MQ=255) cagGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTGCGCTGTTTTCGTGAACAcgc > 1:2108160/1‑71 (MQ=255) gTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCt < 1:3096978/46‑1 (MQ=255) gTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTGCGCTGTTTTCGTGAACACgcggcg < 1:4128588/71‑1 (MQ=255) tCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTa > 1:3272382/1‑35 (MQ=255) tCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTGCGCTGTTTTCGt > 1:3289392/1‑58 (MQ=255) tCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTGCGCTGTTTTCGTGAACACGcggcgg < 1:698863/71‑1 (MQ=255) acgccgcatccgcactggtgcggcctgaccctgctggccatcgatggtgtgttctggcgcacaccggata > 1:1968183‑M1/1‑1 (MQ=255) acgccgcatccgcactggtgcggcctgaccctgctggccatcgatggtgtgctctggcgcacaccggatac < 1:4031507‑M1/71‑71 (MQ=255) | GGGAAGGCTGCATCGTTCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTGCGCTGTTTTCGTGAACACGCGGCGGAC > AP009048/4507663‑4507802 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |