| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | 566000 = | NA (NA) | 72 (1.440) | 48/102 | NT | 100% | intergenic (+90/‑56) | ybcD/insE | DLP12 prophage region; ECK0532:JW0527:b4508; predicted replication protein fragment/IS3 element protein InsE |
| ? | AP009048 | = 576913 | 0 (0.000) | coding (78/498 nt) | ybcS | predicted lysozyme | |||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
CATCATTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTATG > AP009048/576843‑576981 | atTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtga > 1:2548147‑M2/1‑67 (MQ=255) aCGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatct > 1:2683304‑M2/1‑64 (MQ=255) aCGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatct > 1:4248869‑M2/1‑64 (MQ=255) cGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatctta > 1:1987133‑M2/1‑63 (MQ=255) cGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatctt > 1:168734‑M2/1‑63 (MQ=255) aacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTgg > 1:890523‑M2/60‑64 (MQ=255) aacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGt < 1:2353909‑M2/12‑1 (MQ=255) aaaaGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacc > 1:3635723‑M2/1‑61 (MQ=255) caatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACt > 1:2274706‑M2/58‑60 (MQ=255) aaaGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacc < 1:3269886‑M2/70‑11 (MQ=255) aaaGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgat < 1:704302‑M2/64‑5 (MQ=255) aGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccag > 1:3375280‑M2/1‑58 (MQ=255) tttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTaa > 1:137011‑M2/55‑71 (MQ=255) tgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAAc < 1:2980684‑M2/18‑1 (MQ=255) tgaaaacaagaacctcgcttaggactgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGt > 1:3872867‑M2/53‑67 (MQ=255) aaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGAt > 1:2050649‑M2/51‑71 (MQ=255) aacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATgg < 1:3189727‑M2/23‑1 (MQ=255) aacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATgg > 1:3643641‑M2/49‑71 (MQ=255) ctgctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaata > 1:3183772‑M2/1‑50 (MQ=255) gctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtgga < 1:1456592‑M2/71‑24 (MQ=255) gctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatct < 1:2821274‑M2/54‑7 (MQ=255) gctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatct < 1:4614495‑M2/54‑7 (MQ=255) tgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagt < 1:1338637‑M2/66‑21 (MQ=255) gaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTgg > 1:2170991‑M2/44‑48 (MQ=255) gaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTgg < 1:1996941‑M2/28‑1 (MQ=255) gctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTt > 1:2894178‑M2/1‑45 (MQ=255) aacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggagcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGa < 1:1178016‑M2/29‑1 (MQ=255) ctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacg < 1:1969832‑M2/71‑28 (MQ=255) ctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggaca > 1:4043808‑M2/1‑44 (MQ=255) tATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgat < 1:1824089‑M2/47‑5 (MQ=255) ctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAAc < 1:1724338‑M2/18‑1 (MQ=255) ttGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatctta < 1:1225061‑M2/49‑9 (MQ=255) ttGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatctt > 1:3051716‑M2/1‑41 (MQ=255) tcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAg < 1:735482‑M2/31‑1 (MQ=255) tcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGgt > 1:1445791‑M2/39‑71 (MQ=255) tggtggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggc < 1:1004876‑M2/71‑32 (MQ=255) ggtggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatc < 1:3501107‑M2/44‑6 (MQ=255) gcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGgt < 1:882964‑M2/33‑1 (MQ=255) gtggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaa < 1:3142416‑M2/54‑17 (MQ=255) gCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagt > 1:713806‑M2/1‑35 (MQ=255) gCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagt > 1:218504‑M2/1‑35 (MQ=255) gCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaag > 1:1096871‑M2/1‑35 (MQ=255) gCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgc > 1:4365956‑M2/1‑35 (MQ=255) gCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccag < 1:2870112‑M2/48‑14 (MQ=255) aggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGc > 1:2199469‑M2/33‑71 (MQ=255) ggAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatct > 1:1123113‑M2/1‑33 (MQ=255) gcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAg < 1:1309164‑M2/31‑1 (MQ=255) gAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgag < 1:209649‑M2/71‑40 (MQ=255) gAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaag < 1:4568869‑M2/67‑36 (MQ=255) tgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCt < 1:3989337‑M2/26‑1 (MQ=255) tgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGgtg < 1:2227227‑M2/34‑1 (MQ=255) gCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacac > 1:1102747‑M2/1‑30 (MQ=255) gCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaata > 1:4444126‑M2/1‑30 (MQ=255) tgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAg > 1:3732814‑M2/26‑36 (MQ=255) tgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcatac > 1:1875230‑M2/26‑71 (MQ=255) gtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGt > 1:1164725‑M2/25‑48 (MQ=255) tGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactc < 1:1405056‑M2/71‑47 (MQ=255) gCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactct < 1:3153958‑M2/71‑48 (MQ=255) gCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaag > 1:3298175‑M2/1‑24 (MQ=255) gCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttaccca < 1:3910056‑M2/36‑13 (MQ=255) catattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcataccata > 1:3622357‑M2/22‑71 (MQ=255) cTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctc > 1:2333356‑M2/1‑23 (MQ=255) attacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcatacca > 1:4413032‑M2/19‑66 (MQ=255) ttacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcatacca > 1:3837782‑M2/18‑65 (MQ=255) taGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagt < 1:1632653‑M2/71‑52 (MQ=255) taGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagt < 1:3580219‑M2/71‑52 (MQ=255) taGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcag > 1:1862419‑M2/1‑20 (MQ=255) tacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa > 1:920271‑M2/17‑68 (MQ=255) acgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAca > 1:4243278‑M2/16‑58 (MQ=255) acgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa > 1:305499‑M2/16‑67 (MQ=255) cgtgtgtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAg < 1:2919988‑M2/55‑1 (MQ=255) aTCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggct > 1:2669024‑M2/1‑16 (MQ=255) tgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAg < 1:1025944‑M2/38‑1 (MQ=255) tCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagtaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagag > 1:682433‑M2/1‑15 (MQ=255) cAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagagg < 1:1334544‑M2/71‑58 (MQ=255) gtgtTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggt > 1:1644360‑M2/1‑12 (MQ=255) gtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCt > 1:3561464‑M2/10‑49 (MQ=255) tgtTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggtga > 1:2227119‑M2/1‑11 (MQ=255) tgtTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggct > 1:4371884‑M2/1‑11 (MQ=255) taggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATAttgtt < 1:331732‑M2/63‑1 (MQ=255) gtTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagta < 1:2386660‑M2/51‑42 (MQ=255) ttAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggtgact < 1:277845‑M2/71‑63 (MQ=255) ttAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggtgac < 1:462070‑M2/70‑62 (MQ=255) ttAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaac > 1:3069777‑M2/1‑9 (MQ=255) gatcaACTGGCCCAAGTGGTAAAGATGGTCTGGAAGGTGTCa < 1:1952994‑M2/37‑1 (MQ=255) gatcaACTGGCCCAAGTGCTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTgg > 1:1402424‑M2/6‑70 (MQ=255) aaTCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagag < 1:3472608‑M2/63‑57 (MQ=255) tcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGgtg < 1:1849665‑M2/34‑1 (MQ=255) tcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGc > 1:3773632‑M2/4‑42 (MQ=255) tcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGc > 1:3768239‑M2/4‑42 (MQ=255) tcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAc > 1:1524232‑M2/4‑45 (MQ=255) tcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGat < 1:122505‑M2/57‑1 (MQ=255) tcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgtg > 1:2242889‑M2/4‑70 (MQ=255) aTCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggtgactcac > 1:3819962‑M2/1‑6 (MQ=255) caACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTa > 1:1757753‑M2/3‑71 (MQ=255) caACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTa > 1:4090282‑M2/3‑71 (MQ=255) cACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctgagtcagaggtgact > 1:4287798‑M2/1‑4 (MQ=255) aACTGGCACAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGAtattct > 1:603599‑M2/2‑61 (MQ=255) cTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTATg > 1:548780/1‑70 (MQ=255) cTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTATg > 1:4042783/1‑70 (MQ=255) | CATCATTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTATG > AP009048/576843‑576981 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |