| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 2430401 | 32 (0.640) | 4 (0.090) | 3/88 | NT | 9.7% | coding (279/717 nt) | hisM | histidine/lysine/arginine/ornithine transporter subunit |
| ? | AP009048 | = 2430411 | 47 (1.090) | coding (269/717 nt) | hisM | histidine/lysine/arginine/ornithine transporter subunit | |||||
TGTTAAGCGTCAGCGCCAGCACGGTACAGTTCAGGCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGAACACCAGCAACTGAACATACAGCGGCGTA > AP009048/2430343‑2430476 | tgtTAAGCGTCAGCGCCAGCACGGTACAGTTCAGGCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCcc > 1:1042076‑M2/1‑69 (MQ=255)tgtTAAGCGTCAGCGCCAGCACGGTACAGTTCAGGCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAAATCGGTTCcc < 1:37995‑M2/71‑3 (MQ=255) aaGCGTCAGCGCCAGCACGGTACAGTTCAGGCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCcctta > 1:632485‑M2/1‑65 (MQ=255) aGCGTCAGCGCCAGCACGGTACAGTTCAGGCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCccttaac > 1:211649‑M2/1‑64 (MQ=255) cGTCAGCGCCAGCACGGTACAGTTCAGGCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACaa < 1:897429/71‑1 (MQ=255) cAGCGCCAGCACGGTACAGTTCAGGCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAAtct > 1:10306/1‑71 (MQ=255) cAGCGCCAGCACGGTACAGTTCAGGCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAAtct > 1:4042491/1‑71 (MQ=255) cgcCAGCACGGTACAGTTCAGGCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAAtctc > 1:875444/1‑69 (MQ=255) gcCAGCACGGTACAGTTCAGGCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAAtctc > 1:516184/1‑68 (MQ=255) ccAGCACGGTACAGTTCAGGCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGc > 1:269502/1‑71 (MQ=255) ccAGCACGGTACAGTTCAGGCCACTGCGGAAGAAAGAGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGc > 1:4254885/1‑71 (MQ=255) cAGCACGGTACAGTTCAGGCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCcct < 1:2761576‑M2/56‑4 (MQ=255) gCACGGTACAGTTCAGGCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCgtg < 1:2414809/71‑1 (MQ=255) gCACGGTACAGTTCAGGCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCgtg > 1:1492557/1‑71 (MQ=255) gCACGGTACAGTTCAGGCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCgtg > 1:2266219/1‑71 (MQ=255) aCGGTACAGTTCAGGCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCccttaac < 1:2690145‑M2/56‑8 (MQ=255) aCGGTACAGTTCAGGCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTGACAATCTCAAGCGTGTa > 1:3029050/1‑71 (MQ=255) aCGGTACAGTTCAGGCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTa > 1:2384069/1‑71 (MQ=255) cGGTACAGTTCAGGCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCaa > 1:4465737/1‑63 (MQ=255) tACAGTTCAGGCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTc < 1:245354/45‑1 (MQ=255) gTTCAGGCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCcct > 1:1106266‑M2/1‑41 (MQ=255) ttCAGGCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCcctt > 1:1269033‑M2/1‑40 (MQ=255) ttCAGGCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCgt < 1:2975678/59‑1 (MQ=255) ttCAGGCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCgg > 1:1110264/1‑70 (MQ=255) cAGGCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGaa > 1:2327051/1‑70 (MQ=255) cAGGCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGaa > 1:1346787/1‑70 (MQ=255) aGGCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATa < 1:1103606/71‑1 (MQ=255) gCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGa < 1:398027/71‑1 (MQ=255) cACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCaa > 1:632109/1‑48 (MQ=255) cACTGCGGAAGAAAGCCTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGAac < 1:3392614/71‑1 (MQ=255) cTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGAacac < 1:2265619/71‑1 (MQ=255) cTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGAacac > 1:156475/1‑71 (MQ=255) gCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAg > 1:3498526/1‑64 (MQ=255) cGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGaa > 1:3022008/1‑60 (MQ=255) cGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGAACACCAg < 1:2108379/71‑1 (MQ=255) aagaaAGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTa < 1:711517/47‑1 (MQ=255) agaaAGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATa > 1:1035570/1‑58 (MQ=255) aaGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGa > 1:3690550/1‑57 (MQ=255) gTTAAGGAATTCGGTTCccttaacgctttcttccgcagtggcctgaactgtaccgtgc > 1:1805427‑M2/1‑17 (MQ=255) gTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACa > 1:1430690/1‑41 (MQ=255) tAAGGAATTCGGTTCccttaacgctttcttccgcagtggcctgaactgtaccgtgctggcgctgacg > 1:3020127‑M2/1‑15 (MQ=255) tAAGGAATTCGGTTCccttaacgctttcttccgcagtggcctgaactgtaccgtgctggcgc < 1:1468761‑M2/62‑48 (MQ=255) tAAGGAATTCGGTTCccttaacgctttcttccgcagtgg < 1:4603732‑M2/39‑25 (MQ=255) tAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATa < 1:1099709/49‑1 (MQ=255) tAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGaa > 1:1216605/1‑52 (MQ=255) tAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGaa > 1:326088/1‑52 (MQ=255) tAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGaa > 1:1434513/1‑52 (MQ=255) tAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGAACACCAGCAACTGaa > 1:3512729/1‑66 (MQ=255) aaGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACa > 1:98953/1‑38 (MQ=255) aaGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGaa > 1:2998736/1‑51 (MQ=255) ggAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGAaca > 1:1311490/1‑51 (MQ=255) ggAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGAACACCAGCAACTGAACATACAgc > 1:1827588/1‑71 (MQ=255) ggAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGAACACCAGCAACTGAACATACAgc > 1:12322/1‑71 (MQ=255) gAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGAACACCAGCAACTTAACATACAgc < 1:2246800/70‑1 (MQ=255) gAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGAACACCAGCAACTGAACATACAgcg < 1:3757175/71‑1 (MQ=255) gAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGAACACCAGCAACTGAACATACAgc < 1:1548214/70‑1 (MQ=255) aTTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGAACACCAGCAACTGAACATACAgcggc > 1:4277149/1‑71 (MQ=255) ttCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGAACACCAGCAACTGAACATACAgcggcg < 1:3477716/71‑1 (MQ=255) ttCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGAACACCAGCAACTGAACATACAgcggcg < 1:2208797/71‑1 (MQ=255) ttCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGAACACCAGCAACTGAACATACAgcggcg < 1:1706650/71‑1 (MQ=255) ttCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGAACACCAGCAACTGAACATACAgcggcg < 1:1228719/71‑1 (MQ=255) tCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGAACACCAGCAACTGAACATACAgcggcg > 1:469717/1‑70 (MQ=255) cGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGAACACCAGCAACTGAACATACAGCGCCGt < 1:841116/70‑1 (MQ=255) ggTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGAACACCAGCAACTGAACATACAGCGGCGTa < 1:2444245/70‑1 (MQ=255) ttCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGAACACCAGCAACTGAACAt < 1:3363378/57‑1 (MQ=255) tCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGAaca > 1:4405431/1‑41 (MQ=255) cccTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGAACACCAGCAACTGAACATa > 1:3470079/1‑56 (MQ=255) | TGTTAAGCGTCAGCGCCAGCACGGTACAGTTCAGGCCACTGCGGAAGAAAGCGTTAAGGAATTCGGTTCCCTTAACAATCTCAAGCGTGTACATGCCGGAATAGAACACCAGCAACTGAACATACAGCGGCGTA > AP009048/2430343‑2430476 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |