| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,727,745 | T→C | 11.7% | V168V (GTT→GTC) | pstA → | phosphate transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,727,745 | 0 | T | C | 11.7% | 206.7 / 18.1 | 77 | V168V (GTT→GTC) | pstA | phosphate transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/23); new base C (5/4); total (50/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
GGCGCAGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATGCGCTGGG > AP009048/3727676‑3727813 | ggCGCAGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTa > 1:1054448/1‑71 (MQ=255) cgcAGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCGTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATc > 1:3090734/1‑71 (MQ=255) cgcAGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTCATc < 1:1981638/71‑1 (MQ=255) cgcAGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTCATc < 1:1383733/71‑1 (MQ=255) aGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCg > 1:2133580/1‑70 (MQ=255) aGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCg > 1:3128970/1‑70 (MQ=255) tctcCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGtt < 1:4244723/53‑1 (MQ=255) tctcCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCaccacc > 1:148190/1‑65 (MQ=255) ctcCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGaa < 1:3269966/69‑1 (MQ=255) ctcCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAAc > 1:2219241/1‑70 (MQ=255) ctcCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACa > 1:3193912/1‑71 (MQ=255) ccGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATg > 1:2785707/1‑71 (MQ=255) cGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCga < 1:2096203/63‑1 (MQ=255) gggcgggcGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGaaa > 1:3235696/1‑71 (MQ=255) ggcgggcgTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTAt > 1:2394227/1‑45 (MQ=255) gcgTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAAc > 1:1616430/1‑56 (MQ=255) gcgTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTg > 1:135200/1‑71 (MQ=255) gTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGcc > 1:4145061/1‑71 (MQ=255) gTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGcc > 1:2556759/1‑71 (MQ=255) gATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGa < 1:4376946/59‑1 (MQ=255) aTTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCgaga > 1:1080295/1‑49 (MQ=255) aTTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTa < 1:4114750/71‑1 (MQ=255) aTTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGACGTa > 1:1566807/1‑71 (MQ=255) ttGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTa > 1:1899624/1‑70 (MQ=255) ttGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTa > 1:702200/1‑70 (MQ=255) ttGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTAc < 1:3496407/71‑1 (MQ=255) gCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACa < 1:2997848/70‑1 (MQ=255) gCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAg > 1:1674620/1‑71 (MQ=255) cccTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTg < 1:3284386/59‑1 (MQ=255) cccTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGc > 1:4287249/1‑71 (MQ=255) ccTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGa < 1:4178692/53‑1 (MQ=255) cTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGaaa > 1:4508557/1‑54 (MQ=255) cTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCt > 1:28075/1‑71 (MQ=255) cTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCt > 1:1349512/1‑71 (MQ=255) tGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCt > 1:4432633/1‑70 (MQ=255) tGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACAACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGcc < 1:3622861/69‑1 (MQ=255) ggCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGaaa > 1:2195056/1‑52 (MQ=255) ggCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGc > 1:3727609/1‑71 (MQ=255) gCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGc < 1:2767411/70‑1 (MQ=255) gCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCg > 1:3961746/1‑71 (MQ=255) gttgttGCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGt > 1:472925/1‑70 (MQ=255) gttgttGCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGt > 1:1228407/1‑70 (MQ=255) gttgttGCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGt > 1:1161325/1‑70 (MQ=255) ttgttgCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGa < 1:433906/71‑1 (MQ=255) tgttgCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGt > 1:833723/1‑68 (MQ=255) tgttgCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTg > 1:730935/1‑69 (MQ=255) tgttgCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTg > 1:1434599/1‑69 (MQ=255) gttgCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGaa < 1:1505901/70‑1 (MQ=255) gCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGTTGCCTTACAGCCTGCGTGAAGCg < 1:227247/70‑1 (MQ=255) gCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTg > 1:4367254/1‑61 (MQ=255) gCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCgg > 1:948603/1‑71 (MQ=255) gCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCgg > 1:2089604/1‑71 (MQ=255) gCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCg < 1:270098/70‑1 (MQ=255) gCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCgg > 1:3062638/1‑71 (MQ=255) ggTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCtt < 1:2745367/71‑1 (MQ=255) gTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGc < 1:2475139/54‑1 (MQ=255) gTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTa < 1:2673356/71‑1 (MQ=255) gTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTa < 1:292399/71‑1 (MQ=255) tGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTAt < 1:1838416/71‑1 (MQ=255) tGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTAt < 1:4220221/71‑1 (MQ=255) tGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCTTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTAt < 1:3082069/71‑1 (MQ=255) gCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCgg > 1:427303/1‑65 (MQ=255) cGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGt > 1:285828/1‑40 (MQ=255) cGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGt > 1:2349614/1‑40 (MQ=255) gATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATgcgc < 1:1440948/71‑1 (MQ=255) gATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATgcgc < 1:3079525/71‑1 (MQ=255) gATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATgcgc > 1:1788505/1‑71 (MQ=255) aTTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAg > 1:4379825/1‑58 (MQ=255) aTTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCgg > 1:2635596/1‑61 (MQ=255) aTTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATGCGCt < 1:516869/71‑1 (MQ=255) ttGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAg > 1:2056760/1‑57 (MQ=255) ttGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAg > 1:160817/1‑57 (MQ=255) ttGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTg > 1:1607290/1‑38 (MQ=255) ttGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATGCGCTg < 1:3293128/71‑1 (MQ=255) tGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTgg > 1:1269258/1‑35 (MQ=255) tGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATGCGCTgg > 1:774447/1‑71 (MQ=255) gTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGcc > 1:3673481/1‑38 (MQ=255) gTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATGCGCTggg > 1:3062540/1‑71 (MQ=255) | GGCGCAGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATGCGCTGGG > AP009048/3727676‑3727813 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |