| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 1,199,872 | T→C | 10.9% | intergenic (‑58/‑400) | ymfE ← / → lit | predicted inner membrane protein/cell death peptidase, inhibitor of T4 late gene expression |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 1,199,872 | 0 | T | C | 10.9% | 143.6 / 9.6 | 55 | intergenic (‑58/‑400) | ymfE/lit | predicted inner membrane protein/cell death peptidase, inhibitor of T4 late gene expression |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/24); new base C (3/3); total (28/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
CATATTATTCACCTGAGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTGACAGACAATATTG > AP009048/1199803‑1199941 | cATATTATTCACCTGAGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACtt < 1:1913409/71‑1 (MQ=255) tattatTCACCTGAGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACtttt < 1:439801/71‑1 (MQ=255) tattatTCACCTGAGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACtttt < 1:508073/71‑1 (MQ=255) attCACCTGAGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAg < 1:503171/70‑1 (MQ=255) ttCACCTGAGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAg > 1:794876/1‑69 (MQ=255) tGAGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGgttag > 1:3570164/1‑71 (MQ=255) tGAGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACCTTTCAGTAGgttag > 1:849677/1‑71 (MQ=255) tGAGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACCTTTCAGTAGgttag > 1:3668719/1‑71 (MQ=255) gAGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGgttagt > 1:3774903/1‑71 (MQ=255) gAGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGgttag > 1:4564791/1‑70 (MQ=255) aGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGgttag > 1:316282/1‑69 (MQ=255) gTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGgttagtta > 1:1451357/1‑71 (MQ=255) tCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTAc < 1:1578927/71‑1 (MQ=255) aCGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGgtt < 1:250648/63‑1 (MQ=255) aCGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACaa < 1:458706/71‑1 (MQ=255) aCGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACaa < 1:2842879/71‑1 (MQ=255) cGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCa > 1:4443045/1‑55 (MQ=255) ttAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAAttttt > 1:827381/1‑71 (MQ=255) tAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAAtttttt > 1:1700862/1‑71 (MQ=255) ggATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGt < 1:4300519/71‑1 (MQ=255) gATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACCTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTa > 1:3843456/1‑71 (MQ=255) tAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATc > 1:3422423/1‑71 (MQ=255) tgtAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGt < 1:3648138/71‑1 (MQ=255) gtAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAAtttt < 1:4339861/60‑1 (MQ=255) tAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAAtt > 1:1780266/1‑57 (MQ=255) tAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGtt > 1:616161/1‑70 (MQ=255) aaTGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACtt < 1:1186514/35‑1 (MQ=255) aTGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAAttttt < 1:966548/58‑1 (MQ=255) aTGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAg < 1:3064455/71‑1 (MQ=255) tGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAgg > 1:3297484/1‑71 (MQ=255) tGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAgg > 1:104514/1‑71 (MQ=255) tAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCt < 1:3409706/70‑1 (MQ=255) tAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCt > 1:4474772/1‑70 (MQ=255) tAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACCTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTg < 1:1980860/71‑1 (MQ=255) tttAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTg < 1:772194/66‑1 (MQ=255) tttAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTa < 1:2976531/71‑1 (MQ=255) taattaaGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGc > 1:3135950/1‑71 (MQ=255) attaaGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCt < 1:1313590/70‑1 (MQ=255) attaaGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCt < 1:2048223/70‑1 (MQ=255) ttaaGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTc < 1:2156196/71‑1 (MQ=255) aGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCg < 1:2593771/69‑1 (MQ=255) gtgtCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTg < 1:2639384/71‑1 (MQ=255) tgtCATTATATACCTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTg < 1:3535790/70‑1 (MQ=255) gtCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGt < 1:3697354/41‑1 (MQ=255) gtCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAgg > 1:3426911/1‑52 (MQ=255) cATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTga > 1:1636413/1‑68 (MQ=255) aTTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGt > 1:3612699/1‑44 (MQ=255) aTTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTg > 1:2576641/1‑52 (MQ=255) aTTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTgacaga > 1:68572/1‑71 (MQ=255) ttATATACCTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGtt < 1:75493/44‑1 (MQ=255) atataCTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCt > 1:890326/1‑39 (MQ=255) tataCTGTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCa > 1:600288/1‑43 (MQ=255) taCTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGt < 1:2327861/38‑1 (MQ=255) taCTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTg < 1:2295120/46‑1 (MQ=255) aCTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGAc > 1:127278/1‑47 (MQ=255) cTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGa < 1:2463177/45‑1 (MQ=255) cTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGa < 1:2605436/45‑1 (MQ=255) cTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTGACAGACAATATtg > 1:539197/1‑71 (MQ=255) cTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTGACAGACAATATtg < 1:2144669/71‑1 (MQ=255) ttttCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTgacaga > 1:1944985/1‑62 (MQ=255) | CATATTATTCACCTGAGTCACGCTTTAGGATAGTGTAATGGTAATATTTAATTAAGTGTCATTATATACTTTTCAGTAGGTTAGTTACAATTTTTTGTATCTGTTCAGGCTGACCTAGCTTCGCTGACAGACAATATTG > AP009048/1199803‑1199941 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |