| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 2,082,018 | A→G | 13.1% | I237I (ATT→ATC) | yeeA ← | conserved inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 2,082,018 | 0 | A | G | 13.1% | 150.9 / 15.8 | 61 | I237I (ATT→ATC) | yeeA | conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/25); new base G (4/4); total (32/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.18e-01 | |||||||||||
GAAATGGCTGGGGCGCGTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTGGCGGGCGCAATCAGTCC > AP009048/2081949‑2082086 | gAAATGGCTGGGGCGCGTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTaa < 1:4092409/71‑1 (MQ=255) aaaTGGCTGGGGCGCGTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTTCGGTTGAt < 1:2062111/71‑1 (MQ=255) aaaTGGCTGGGGCGCGTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTaa < 1:931821/70‑1 (MQ=255) aaaTGGCTGGGGCGCGTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTGAt > 1:1459279/1‑71 (MQ=255) aaTGGCTGGGGCGCGTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAAt < 1:73304/70‑1 (MQ=255) aaTGGCTGGGGCGCGTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATg > 1:2034656/1‑71 (MQ=255) aaTGGCTGGGGCGCGTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATg < 1:3889331/71‑1 (MQ=255) aaTGGCTGGGGCGCGTGGCACAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATg > 1:4161990/1‑71 (MQ=255) gCTGGGGCGCGTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTc < 1:3216286/70‑1 (MQ=255) gggCGCGTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTg > 1:1972458/1‑68 (MQ=255) gcgcGTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATAc < 1:1019659/71‑1 (MQ=255) cgcgTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATAcc > 1:2836883/1‑71 (MQ=255) gTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGa > 1:3620388/1‑64 (MQ=255) gTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTc < 1:982960/71‑1 (MQ=255) gCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCata > 1:3430538/1‑71 (MQ=255) cccAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCa < 1:664818/68‑1 (MQ=255) ccAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGa > 1:3284340/1‑59 (MQ=255) ccAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGa > 1:330316/1‑59 (MQ=255) ccAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCatata > 1:629420/1‑71 (MQ=255) ccAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCa < 1:152467/67‑1 (MQ=255) cAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTgg < 1:1198625/57‑1 (MQ=255) cAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATTCCTTCatatat > 1:4556154/1‑71 (MQ=255) cAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCtt > 1:3266335/1‑64 (MQ=255) aGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGAt < 1:1284600/58‑1 (MQ=255) aGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGAt < 1:2174309/58‑1 (MQ=255) aGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGAt < 1:2566381/58‑1 (MQ=255) gTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATc > 1:1441664/1‑70 (MQ=255) tATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTaa < 1:2056304/46‑1 (MQ=255) aTGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTgg > 1:215555/1‑53 (MQ=255) 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1:2302155/1‑71 (MQ=255) gATTTGCAACTCCAGCATACAAACAAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGaa > 1:3949376/1‑71 (MQ=255) tttGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCata > 1:1804578/1‑55 (MQ=255) tttGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATa < 1:1341747/71‑1 (MQ=255) aaCTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCatatat < 1:1671774/53‑1 (MQ=255) cTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCt < 1:1805127/43‑1 (MQ=255) ccAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCata > 1:104047/1‑46 (MQ=255) cATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGaa < 1:479003/56‑1 (MQ=255) tACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATa > 1:4587987/1‑56 (MQ=255) aCAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCata > 1:151084/1‑39 (MQ=255) cAAACCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATCGAtttt > 1:104653/1‑48 (MQ=255) cAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCatata < 1:1507647/40‑1 (MQ=255) aaaCCAGATTGCGGTTGATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCtt < 1:3136943/63‑1 (MQ=255) ccAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTggcgggc < 1:4082437/71‑1 (MQ=255) aGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTGGCGGgcgc < 1:363508/71‑1 (MQ=255) aTTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATa > 1:3301005/1‑46 (MQ=255) aTTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATa > 1:2507268/1‑46 (MQ=255) aTTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTGGCGGGCGCaa > 1:2594682/1‑71 (MQ=255) aTTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTGGCGGGCGCaa < 1:3980482/71‑1 (MQ=255) ttGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGAttt > 1:1666100/1‑38 (MQ=255) ttGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTGGCGGGCGCAAt < 1:669061/71‑1 (MQ=255) tGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGaa > 1:899416/1‑42 (MQ=255) ttAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTgg < 1:1175419/35‑1 (MQ=255) ttAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTGGCGGGCGCAATCAGTcc < 1:4293968/71‑1 (MQ=255) ttAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTGGCGGGCGCAATCAGTcc < 1:3427267/71‑1 (MQ=255) tAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGaa > 1:4473756/1‑36 (MQ=255) aaTGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTggc < 1:711977/54‑1 (MQ=255) | GAAATGGCTGGGGCGCGTGGCCCAGTATGCATTGATTTGCAACTCCAGCATACAAACCAGATTGCGGTTAATGGTCTGGATACCTTCATATATCGATTTTGGAATACGGGTTTCTTTGCTGGCGGGCGCAATCAGTCC > AP009048/2081949‑2082086 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |