Predicted mutation
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RA	Exported	1,763,535	T→C	9.4%	noncoding (309/1542 nt)	rrsG ←	16S ribosomal RNA

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	Exported	1,763,535	0	T	C	9.4%	121.2 / 3.9	47	noncoding (309/1542 nt)	rrsG	16S ribosomal RNA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (18/24);  new base C (2/2);  total (21/26)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

GGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAAT  >  Exported/1763502‑1763601                                  |                                                                   ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCtt                                <  1:3067370/70‑1 (MQ=31) ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTg                               <  1:3614775/71‑1 (MQ=17) ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTg                               <  1:1353910/71‑1 (MQ=17) ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTg                               <  1:3580309/71‑1 (MQ=17)  gAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGTTCACCCTCTCAGGTCGGCTATGTATCGTCGCCTTgg                              >  1:3581060/1‑71 (MQ=2)  gAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGTTCACCCTCTCAGGTCGGCTATGTATCGTCGCCTTg                               >  1:2235531/1‑70 (MQ=2)  gAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCAGTTCACCCTCTCAGGTCGGCTATGTATCGTCGCCTTgg                              >  1:601513/1‑71 (MQ=2)   aGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGTTCACCCTCTCAGGTCGGCTATGTATCGTCGCCTTGGt                             <  1:2895331/71‑1 (MQ=2)   aGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGTTCACCCTCTCAGGTCGGCTATGTATCGTCGCCTTGGt                             <  1:1188356/71‑1 (MQ=2)   aGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTg                               <  1:2001187/69‑1 (MQ=33)   aGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGt                             <  1:3280535/71‑1 (MQ=21)         gACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGcc                        <  1:1276022/70‑1 (MQ=11)         gACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCg                       <  1:1651276/71‑1 (MQ=21) 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                           tgtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCt     >  1:340204/1‑70 (MQ=255)                             gtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTaa   >  1:2766787/1‑71 (MQ=255)                             gtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTaa   >  1:977931/1‑71 (MQ=255)                             gtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTa    >  1:190083/1‑70 (MQ=255)                              tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAAt  <  1:2446978/71‑1 (MQ=255)                              tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAAt  <  1:1026814/71‑1 (MQ=255)                                  tGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaa           <  1:3361497/58‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑