BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	Exported	1,763,537	G→T	10.0%	noncoding (307/1542 nt)	rrsG ←	16S ribosomal RNA

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	Exported	1,763,537	0	G	T	10.0%	147.6 / 4.2	50	noncoding (307/1542 nt)	rrsG	16S ribosomal RNA
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/27); new base T (3/2); total (21/29)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.38e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01

GGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCAT  >  Exported/1763502‑1763606

ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCtt                                     <  1:3067370/70‑1 (MQ=31)

ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTg                                    <  1:3580309/71‑1 (MQ=17)

ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTg                                    <  1:1353910/71‑1 (MQ=17)

ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTg                                    <  1:3614775/71‑1 (MQ=17)

 gAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGTTCACCCTCTCAGGTCGGCTATGTATCGTCGCCTTgg                                   >  1:3581060/1‑71 (MQ=2)

 gAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGTTCACCCTCTCAGGTCGGCTATGTATCGTCGCCTTg                                    >  1:2235531/1‑70 (MQ=2)

 gAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCAGTTCACCCTCTCAGGTCGGCTATGTATCGTCGCCTTgg                                   >  1:601513/1‑71 (MQ=2)

  aGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGTTCACCCTCTCAGGTCGGCTATGTATCGTCGCCTTGGt                                  <  1:1188356/71‑1 (MQ=2)

  aGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGTTCACCCTCTCAGGTCGGCTATGTATCGTCGCCTTGGt                                  <  1:2895331/71‑1 (MQ=2)

  aGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTg                                    <  1:2001187/69‑1 (MQ=33)

  aGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGt                                  <  1:3280535/71‑1 (MQ=21)

        gACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGcc                             <  1:1276022/70‑1 (MQ=11)

        gACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCg                            <  1:1651276/71‑1 (MQ=21)

         aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt                           <  1:3312568/71‑1 (MQ=34)

         aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt                           <  1:512421/71‑1 (MQ=34)

         aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt                           >  1:2824007/1‑71 (MQ=34)

         aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt                           <  1:419174/71‑1 (MQ=34)

         aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAg                               >  1:1720809/1‑67 (MQ=25)

          ccGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGtt                          <  1:1353814/71‑1 (MQ=34)

            gtgtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAc                        >  1:3244106/1‑71 (MQ=21)

             tgtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAcc                       >  1:452679/1‑71 (MQ=34)

               tctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAccc                      >  1:2436825/1‑70 (MQ=35)

               tctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAccc                      >  1:2689551/1‑70 (MQ=35)

               tctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAccc                      >  1:2441173/1‑70 (MQ=35)

               tctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAccc                      >  1:170517/1‑70 (MQ=35)

               tctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAccc                      >  1:150502/1‑70 (MQ=35)

                   aGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacc                  <  1:791606/70‑1 (MQ=25)

                   aGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccac                   <  1:2234261/69‑1 (MQ=25)

                   aGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccac                   <  1:739595/69‑1 (MQ=25)

                       ccAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTa                         >  1:390862/1‑59 (MQ=35)

                       ccAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaaca              <  1:2146004/70‑1 (MQ=255)

                       ccAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaaca              <  1:1662966/70‑1 (MQ=255)

                       ccAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAccc                      >  1:2717576/1‑62 (MQ=25)

                       ccAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAccc                      >  1:3676075/1‑62 (MQ=25)

                        cAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAg            <  1:304734/71‑1 (MQ=255)

                        cAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAg            <  1:3473539/71‑1 (MQ=255)

                         aGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAg            <  1:3695791/70‑1 (MQ=255)

                          gtgtGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGc           >  1:1141938/1‑70 (MQ=255)

                          gtgtGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGc           >  1:3642117/1‑70 (MQ=255)

                          gtgtGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCt          <  1:320928/71‑1 (MQ=255)

                          gtgtGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCt          <  1:3208442/71‑1 (MQ=255)

                           tgtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCt          >  1:340204/1‑70 (MQ=255)

                            gtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTaa        >  1:2766787/1‑71 (MQ=255)

                            gtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTaa        >  1:977931/1‑71 (MQ=255)

                            gtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTa         >  1:190083/1‑70 (MQ=255)

                             tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAAt       <  1:2446978/71‑1 (MQ=255)

                             tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAAt       <  1:1026814/71‑1 (MQ=255)

                                 tGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaa                <  1:3361497/58‑1 (MQ=255)

                                 tGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaa                <  1:2664534/58‑1 (MQ=255)

                                 tGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaa                <  1:2313754/58‑1 (MQ=255)

                                  ggTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCAt  >  1:2024931/1‑71 (MQ=255)

                                   gTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCAt  <  1:2204171/70‑1 (MQ=255)

GGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCAT  >  Exported/1763502‑1763606

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 21 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`