| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,262,864 | G→A | 10.6% | S215S (TCC→TCT) | rplA ← | 50S ribosomal subunit protein L1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,262,864 | 0 | G | A | 10.6% | 254.8 / 17.0 | 85 | S215S (TCC→TCT) | rplA | 50S ribosomal subunit protein L1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (45/31); new base A (6/3); total (51/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.47e-01 | |||||||||||
TAAAGGCATTAGTTTACAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGTTTTGCTTTTTTCAGCGCAACCAG > Exported/2262796‑2262932 | tAAAGGCATTAGTTTACAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGga < 1:360403/71‑1 (MQ=255) aaaGGCATTAGTTTACAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCAtggtggtg > 1:2825355/1‑68 (MQ=255) aaaGGCATTAGTTTACAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCAtggtggtg > 1:2951760/1‑68 (MQ=255) aaaGGCATTAGTTTACAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCAtggtggtg > 1:1647748/1‑68 (MQ=255) aaGGCATTAGTTTACAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCAtggtggtg > 1:891556/1‑67 (MQ=255) aaGGCATTAGTTTACAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGgaga < 1:1966258/71‑1 (MQ=255) ggCATTAGTTTACAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGga > 1:1612297/1‑67 (MQ=255) ggCATTAGTTTACAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGga > 1:1593217/1‑67 (MQ=255) cATTAGTTTACAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGc > 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TAAAGGCATTAGTTTACAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGTTTTGCTTTTTTCAGCGCAACCAG > Exported/2262796‑2262932 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |