| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,507,753 | C→T | 17.4% | L273L (CTA→TTA) | yicI → | predicted alpha‑glucosidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,507,753 | 0 | C | T | 17.4% | 170.3 / 27.8 | 69 | L273L (CTA→TTA) | yicI | predicted alpha‑glucosidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/23); new base T (5/7); total (39/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 | |||||||||||
ACTTGATCGTTATACCCGCTTTACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACTTCATTTACCACCAACTACGACGAAGCGACGGTAAACAGCTTTATCGATGGTATGGCGG > Exported/2507686‑2507819 | aCTTGATCGTTATACCCGCTTTACTGGTCGTCCGTCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTaa > 1:1115245/1‑71 (MQ=255)aCTTGATCGTTATACCCGCTTTACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTaa > 1:1491345/1‑71 (MQ=255) cTTGATCGTTATACCCGCTTTACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGTTAAc < 1:1932895/71‑1 (MQ=255) cTTGATCGTTATACCCGCTTTACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGTTAAc < 1:349055/71‑1 (MQ=255) cTTGATCGTTATACCCGCTTTACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGTTAAc < 1:3310873/71‑1 (MQ=255) gATCGTTATACCCGCTTTACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCAc > 1:3769473/1‑71 (MQ=255) aTCGTTATACCCGCTTTACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCACt > 1:3764678/1‑71 (MQ=255) gTTATACCCGCTTTACTGGTCGTCCGGCGCTGCCGCCCGCGTGGTCCTTCGGCCTGTGGCTAACCa < 1:3494471/66‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |