| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,190,181 | T→A | 6.8% | L11I (TTA→ATA) ‡ | dcuD → | predicted transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,190,181 | 0 | T | A | 6.8% | 174.2 / 4.4 | 59 | L11I (TTA→ATA) ‡ | dcuD | predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/22); new base A (2/2); total (35/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
TTATGGGATTGACCGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGGTGGTGCTGGCTGCCGCAGGTATCT > Exported/2190111‑2190250 | ttATGGGATTGACCGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTat > 1:1393948/1‑71 (MQ=255) tATGGGATTGACCGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTat > 1:4007684/1‑70 (MQ=255) tATGGGATTGACCGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTat > 1:3900263/1‑70 (MQ=255) tATGGGATTGACCGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTat > 1:3701407/1‑70 (MQ=255) tATGGGATTGACCGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTat > 1:2909154/1‑70 (MQ=255) tATGGGATTGACCGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTat > 1:1531736/1‑70 (MQ=255) tATGGGATTGACCGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTat > 1:1473582/1‑70 (MQ=255) aTGGGATTGACCGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTatt < 1:3776307/70‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |