| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,464,993 | C→G | 8.5% | A217A (GCC→GCG) | atpB → | F0 sector of membrane‑bound ATP synthase, subunit a |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,464,993 | 0 | C | G | 8.5% | 319.0 / 16.2 | 106 | A217A (GCC→GCG) | atpB | F0 sector of membrane‑bound ATP synthase, subunit a |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/52); new base G (4/5); total (49/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TCCTTGAAGGGGTAAGCCTGCTGTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCG > Exported/2464923‑2465062 | tCCTTGAAGGGGTAAGCCTGCTGTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGcc > 1:4517165/1‑71 (MQ=255)tCCTTGAAGGGGTAAGCCTGCTGTCCAAACCAGGTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGcc > 1:72437/1‑71 (MQ=255) ccTTGAAGGGGTAAGCCTGCTGTCCAAACCAGTTTCACTCTGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGcc < 1:4020457/70‑1 (MQ=255) gAAGGGGTAAGCCTGCTGTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGt < 1:3792592/69‑1 (MQ=255) gAAGGGGTAAGCCTGCTGTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGt > 1:3895478/1‑69 (MQ=255) gAAGGGGTAAGCCTGCTGTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGt > 1:4125866/1‑69 (MQ=255) aaGGGGTAAGCCTGCTGTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGa > 1:3186962/1‑70 (MQ=255) aaGGGGTAAGCCTGCTGTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAg > 1:2165477/1‑71 (MQ=255) 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tttGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTct < 1:198091/44‑2 (MQ=255) tttGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCa < 1:906678/44‑1 (MQ=255) tttGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCa < 1:1215752/44‑1 (MQ=255) tttGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCa < 1:1452970/44‑1 (MQ=255) cttGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCGGGTGAACTGATCTTTATCCTGATTGCGGGTCTGTTACCgtggt > 1:3412248/2‑71 (MQ=255) cttGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCGGGTGAACTGATCTTTATCCTGATTGCGGGTCTGTTACCgtggt > 1:74925/2‑71 (MQ=255) cttGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCGGGTGAACTGATCTTTATCCTGATTGCGGGTCTGTTACCgtggt > 1:3859644/2‑71 (MQ=255) cttGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCGGGTGAACTGATCTTTATCCTGATTGCGGGTCTGTTACCgtggt > 1:2293332/2‑71 (MQ=255) tGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGtggtgg > 1:3777176/1‑71 (MQ=255) cGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTggtggt < 1:696204/70‑1 (MQ=255) aCTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTTGTCTGTTGCCGTGGTGGTcac < 1:3958726/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |