| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,464,999 | G→A | 8.5% | E219E (GAG→GAA) | atpB → | F0 sector of membrane‑bound ATP synthase, subunit a |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,464,999 | 0 | G | A | 8.5% | 333.8 / 15.2 | 106 | E219E (GAG→GAA) | atpB | F0 sector of membrane‑bound ATP synthase, subunit a |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (43/54); new base A (4/5); total (47/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
AAGGGGTAAGCCTGCTGTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGC > Exported/2464929‑2465067 | aaGGGGTAAGCCTGCTGTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAg > 1:2165477/1‑71 (MQ=255) gTAAGCCTGCTGTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAgatgat > 1:3444992/1‑71 (MQ=255) tAAGCCTGCTGTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGAtt > 1:3186124/1‑71 (MQ=255) aGCCTGCTGTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGAtttt < 1:2561776/71‑1 (MQ=255) gCCTGCTGTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGAttt > 1:2665084/1‑69 (MQ=255) gCCTGCTGTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTc < 1:4053179/71‑1 (MQ=255) ccTGCTGTCCAAACCAGTTTCTCTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCa < 1:1892437/71‑1 (MQ=255) tgctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCAtt > 1:3229136/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |