| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,465,008 | C→T | 8.8% | F222F (TTC→TTT) | atpB → | F0 sector of membrane‑bound ATP synthase, subunit a |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,465,008 | 0 | C | T | 8.8% | 359.5 / 18.5 | 114 | F222F (TTC→TTT) | atpB | F0 sector of membrane‑bound ATP synthase, subunit a |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (52/52); new base T (5/5); total (57/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.14e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
GCCTGCTGTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCA > Exported/2464938‑2465076 | ccTGCTGTCCAAACCAGTTTCTCTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCa < 1:1892437/71‑1 (MQ=255) tgctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCAt > 1:1011043/1‑70 (MQ=255) tgctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCAt > 1:1971062/1‑70 (MQ=255) ctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCAtt < 1:1997682/69‑1 (MQ=255) ctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCAtt < 1:509070/69‑1 (MQ=255) ctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCt < 1:261660/71‑1 (MQ=255) ctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCt > 1:2360461/1‑71 (MQ=255) ctgTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCt < 1:2292513/71‑1 (MQ=255) 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GCCTGCTGTCCAAACCAGTTTCACTCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCA > Exported/2464938‑2465076 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |