| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,816,537 | T→G | 7.6% | R65R (CGT→CGG) | soxR → | DNA‑binding transcriptional dual regulator, Fe‑S center for redox‑sensing |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,816,537 | 0 | T | G | 7.6% | 313.6 / 22.1 | 118 | R65R (CGT→CGG) | soxR | DNA‑binding transcriptional dual regulator, Fe‑S center for redox‑sensing |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/60); new base G (7/2); total (56/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.13e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
CGGCAATCAGCGGCGATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTGGCGTGTTGCCCGAAGGGCATACGTTAAGTGC > Exported/2816471‑2816605 | ggCAATCAGCGGCGATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTgg < 1:606576/71‑1 (MQ=255) ggCAATCAGCGGCGATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTg < 1:3501255/70‑1 (MQ=255) cAATCAGCGGCGATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCa > 1:1855299/1‑71 (MQ=255) aTCAGCGGCGATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCAtt < 1:95671/71‑1 (MQ=255) aTCAGCGGCGATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCAtt < 1:2294321/71‑1 (MQ=255) aTCAGCGGCGATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCAtt < 1:3404956/71‑1 (MQ=255) tCAGCGGCGATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTc > 1:515911/1‑71 (MQ=255) tCAGCGGCGATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTc > 1:4184713/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |