| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 214,931 | A→C | 54.0% | E14A (GAA→GCA) | dnaQ → | DNA polymerase III epsilon subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 214,931 | 0 | A | C | 54.0% | 253.7 / inf | 290 | E14A (GAA→GCA) | dnaQ | DNA polymerase III epsilon subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (60/73); new base C (90/66); total (150/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.44e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
AAACGACAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGTGCCGTTGA > Exported/214862‑215000 | ctcAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAacca > 1:2269417/3‑71 (MQ=255) tCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGt > 1:3075560/1‑70 (MQ=255) cTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTa > 1:4472036/1‑70 (MQ=255) tGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGaa < 1:3549345/59‑1 (MQ=255) aCATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATg < 1:1682569/69‑1 (MQ=255) aCATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGa < 1:1547752/70‑1 (MQ=255) aCATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGaaa > 1:3518301/1‑58 (MQ=255) aCATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGACAGATCGTTCTCGATACCGaaa > 1:2768778/1‑58 (MQ=255) tAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTAACGCAACCACCGGTATGAACCa < 1:3853146/71‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |